| 查看: 720 | 回复: 3 | ||||
cpylovelove铜虫 (小有名气)
|
[求助]
动力学模拟固定键长 已有2人参与
|
| 用Discover做动力学模拟的时候想固定部分键长再跑动力学，那固定原子的时候应该固定笛卡尔坐标还是分数坐标？还是两个都固定？试了一下两个都固定，先跑了1ns，晶胞参数没变，接着跑1ns，参数变了很多，而且开始的时候能量和温度还是有很大起伏，与前1ns类似。 |
回复此楼» 猜你喜欢
参与限项
已经有3人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有7人回复
-
实验室接单子
已经有4人回复
-
全日制（定向）博士
已经有4人回复
-
对氯苯硼酸纯化
已经有3人回复
-
求助:我三月中下旬出站，青基依托单位怎么办？
已经有12人回复
-
不自信的我
已经有12人回复
-
所感
已经有4人回复
-
要不要辞职读博？
已经有7人回复
-
北核录用
已经有3人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- MS中键长修改问题
已经有11人回复
- 请教一下径向密度分布怎么提取？
已经有21人回复
- 体系中有很多水分子，如何用rattle命令限制水分子的类型和键长键角
已经有14人回复
- 请问，分子动力学模拟和分子力学模拟的区别是什么呢？
已经有7人回复
- MS Discover 动力学求助
已经有10人回复
- 晶体中的键长如何得到的
已经有6人回复
- 水分子的分子动力学模拟中水分子跑出盒子
已经有10人回复
- VASP结构优化后怎么找到键长？
已经有9人回复
- VASP怎样计算水分子键长 键角
已经有9人回复
- 固定床如何做动力学数据
已经有8人回复
- vasp模拟小分子吸附，如何固定小分子自身的键长？
已经有9人回复
- 寻求lammps的应用 欢迎大家畅所欲言
已经有8人回复
- 如何判断原子间的键长是否合理
已经有3人回复
- Vasp中删除一个键 输入文件如何表现出来？
已经有8人回复
- 【分享】LAMMPS的语法中文解释
已经有137人回复
- 【求助】如何使用gromacs中的constraint
已经有8人回复
- 【求助】MS如何实现水分子与SiO2反应的分子动力学模拟过程（想得到Si-OH键）？
已经有21人回复
- 【分享】尝试lammps中, 分享中...
已经有15人回复
- 【求助】discover 里面怎么分析氢键的键角和键长分布
已经有12人回复
月只蓝
主管区长 (职业作家)
-
专家经验: +1059 - 模拟EPI: 1
- 应助: 1712 (讲师)
- 贵宾: 8.888
- 金币: 68123.7
- 散金: 1938
- 红花: 443
- 沙发: 4
- 帖子: 4373
- 在线: 3291.4小时
- 虫号: 1122189
- 注册: 2010-10-14
- 专业: 宇宙学
- 管辖: 计算模拟区
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
cpylovelove: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-11 16:05:44
感谢参与，应助指数 +1
cpylovelove: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-11 16:05:44
|
The Edit Constraints dialog also allows measurements and cell parameters to be constrained, however Discover ignores such constraints. Discover: Supports atom positions fixed in Cartesian space, but ignores partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, constraints on fractional positions, and geometric constraints. |
2楼2014-04-10 18:54:11
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
3楼2014-04-11 08:32:07
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
- 散金: 3286
- 红花: 166
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-04-13 08:57:12
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-04-13 08:57:12
|
好像说错了…… DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures. Forcite: Supports atom positions fixed in Cartesian or fractional space and fixed lattice parameters, but ignores partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions and geometric constraints. Fractional constraints are not supported for Dynamics calculations. 好像forcite没明确说支持distance限制……只能试试看了 |
4楼2014-04-11 08:36:44