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cpylovelove铜虫 (小有名气)
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[求助]
动力学模拟固定键长已有2人参与
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| 用Discover做动力学模拟的时候想固定部分键长再跑动力学，那固定原子的时候应该固定笛卡尔坐标还是分数坐标？还是两个都固定？试了一下两个都固定，先跑了1ns，晶胞参数没变，接着跑1ns，参数变了很多，而且开始的时候能量和温度还是有很大起伏，与前1ns类似。 |
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pigrass
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月只蓝: 金币+2, 鼓励交流 2014-04-13 08:57:12
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好像说错了…… DMol3: Supports atom positions fixed in Cartesian space, and partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, but ignores constraints on fractional positions and lattice parameters. Additionally, DMol3 supports fixed interatomic distances, angles, and torsions in nonperiodic structures. Forcite: Supports atom positions fixed in Cartesian or fractional space and fixed lattice parameters, but ignores partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions and geometric constraints. Fractional constraints are not supported for Dynamics calculations. 好像forcite没明确说支持distance限制……只能试试看了 |
4楼2014-04-11 08:36:44
月只蓝
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cpylovelove: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-11 16:05:44
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The Edit Constraints dialog also allows measurements and cell parameters to be constrained, however Discover ignores such constraints. Discover: Supports atom positions fixed in Cartesian space, but ignores partial constraints on the x, y, or z components of Cartesian atom positions, constraints on fractional positions, and geometric constraints. |
2楼2014-04-10 18:54:11
pigrass
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3楼2014-04-11 08:32:07