应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？
51/1返回列表
查看: 1889  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

[求助] 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？ 已有3人参与

用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，SEE的值大，r2值小，怎么提高q2？
用对接的方式做的叠q2为0.013，而用骨架叠合时q2为负值，求大神帮忙，这怎么提高q2啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-02 23:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 01:07:20
能量优化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同，后者结果更好，计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始，所以你的初始构象会影响你能量优化的结果，有些时候会试用晶体构象或者对 ...

谢谢，用对接后的构象做能量优化再做做～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2014-04-12 11:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飘落的丘陵: 金币+5, ★有帮助 2014-04-03 11:19:16
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-07 10:26:55
一，修正你的样本，二，选择你的叠合骨架，三，剔除不好的样本。。
赞一下 回复此楼
成功是一种标志
2楼2014-04-03 08:36:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YILUK

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+5 2014-04-06 15:51:34
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-07 10:26:59
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-06 11:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by YILUK at 2014-04-06 11:23:51
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果

一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-06 15:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085601材料工程专硕求调剂 +8 慕寒mio 2026-03-16 8/400 2026-03-19 12:30 by peike
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +7 小材化本科 2026-03-18 7/350 2026-03-19 10:46 by Linda Hu
[考研] 311求调剂 +4 冬十三 2026-03-18 4/200 2026-03-18 21:47 by 尽舜尧1
[考研] 085600材料与化工 +5 安全上岸！ 2026-03-16 5/250 2026-03-18 15:33 by cmz0325
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +7 手机用户 2026-03-17 7/350 2026-03-18 14:34 by vgtyfty
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考研] 0854，计算机类招收调剂 +3 胡辣汤放糖 2026-03-15 6/300 2026-03-18 12:09 by 上岸上岸……..
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +6 困于星晨 2026-03-17 6/300 2026-03-18 10:21 by kkcoco25
[基金申请] 被我言中：新模板不强调格式了，假专家开始管格式了 +4 beefly 2026-03-14 4/200 2026-03-17 22:04 by 黄鸟于飞Chao
[考研] 材料专硕326求调剂 +6 墨煜姒莘 2026-03-15 7/350 2026-03-17 17:10 by ruiyingmiao
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投 +7 腻腻gk 2026-03-14 7/350 2026-03-16 10:12 by houyaoxu
[考研] 0856求调剂 +3 刘梦微 2026-03-15 3/150 2026-03-16 10:00 by houyaoxu
[考研] 材料与化工 323 英一+数二+物化，一志愿：哈工大 本人本科双一流 +4 自由的_飞翔 2026-03-13 5/250 2026-03-14 19:39 by hmn_wj
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[基金申请] 现在如何回避去年的某一个专家，不知道名字 +3 zk200107 2026-03-12 6/300 2026-03-14 17:13 by zk200107
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工301求调剂 +5 奕束光 2026-03-13 5/250 2026-03-13 22:00 by 星空星月
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭