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飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

[求助] 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小,有时还是负的,怎么提高q2? 已有3人参与

用sybyl做COMFA时q2值太小,有时还是负的,SEE的值大,r2值小,怎么提高q2?
用对接的方式做的叠q2为0.013,而用骨架叠合时q2为负值,求大神帮忙,这怎么提高q2啊?
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YILUK

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+5 2014-04-06 15:51:34
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-07 10:26:59
多试试不同的小分子优化,能提高叠合的效果
3楼2014-04-06 11:23:51
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查看全部 8 个回答

126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
飘落的丘陵: 金币+5, 有帮助 2014-04-03 11:19:16
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-04-07 10:26:55
一,修正你的样本,二,选择你的叠合骨架,三,剔除不好的样本。。
成功是一种标志
2楼2014-04-03 08:36:54
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飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by YILUK at 2014-04-06 11:23:51
多试试不同的小分子优化,能提高叠合的效果

一般都是能量优化,还有其他的优化方法吗?谢谢~

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-04-06 15:52:29
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-12 11:04:42
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2014-04-13 09:20:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘落的丘陵 at 2014-04-06 15:52:29
一般都是能量优化,还有其他的优化方法吗?谢谢~
...

能量优化也有不同方法,例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同,后者结果更好,计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始,所以你的初始构象会影响你能量优化的结果,有些时候会试用晶体构象或者对接构象做初始点。
5楼2014-04-12 01:07:20
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