应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？
51/1返回列表
查看: 2170  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

[求助] 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？ 已有3人参与

用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，SEE的值大，r2值小，怎么提高q2？
用对接的方式做的叠q2为0.013，而用骨架叠合时q2为负值，求大神帮忙，这怎么提高q2啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-02 23:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YILUK

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+5 2014-04-06 15:51:34
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-07 10:26:59
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-06 11:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飘落的丘陵: 金币+5, ★有帮助 2014-04-03 11:19:16
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-07 10:26:55
一，修正你的样本，二，选择你的叠合骨架，三，剔除不好的样本。。
赞一下 回复此楼
成功是一种标志
2楼2014-04-03 08:36:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by YILUK at 2014-04-06 11:23:51
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果

一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-06 15:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-12 11:04:42
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2014-04-13 09:20:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘落的丘陵 at 2014-04-06 15:52:29
一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～
...

能量优化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同，后者结果更好，计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始，所以你的初始构象会影响你能量优化的结果，有些时候会试用晶体构象或者对接构象做初始点。
赞一下 回复此楼
5楼2014-04-12 01:07:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭