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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？
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飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

[求助] 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？ 已有3人参与

用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，SEE的值大，r2值小，怎么提高q2？
用对接的方式做的叠q2为0.013，而用骨架叠合时q2为负值，求大神帮忙，这怎么提高q2啊？
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1楼 2014-04-02 23:09:44
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126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飘落的丘陵: 金币+5, ★有帮助 2014-04-03 11:19:16
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-07 10:26:55
一，修正你的样本，二，选择你的叠合骨架，三，剔除不好的样本。。
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成功是一种标志
2楼2014-04-03 08:36:54
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YILUK

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+5 2014-04-06 15:51:34
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-07 10:26:59
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果
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3楼2014-04-06 11:23:51
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飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by YILUK at 2014-04-06 11:23:51
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果

一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～

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4楼2014-04-06 15:52:29
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arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-12 11:04:42
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2014-04-13 09:20:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘落的丘陵 at 2014-04-06 15:52:29
一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～
...

能量优化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同，后者结果更好，计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始，所以你的初始构象会影响你能量优化的结果，有些时候会试用晶体构象或者对接构象做初始点。
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5楼2014-04-12 01:07:20
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飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 01:07:20
能量优化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同，后者结果更好，计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始，所以你的初始构象会影响你能量优化的结果，有些时候会试用晶体构象或者对 ...

谢谢，用对接后的构象做能量优化再做做～

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6楼2014-04-12 11:07:41
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wbingxin2012

银虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-24 18:21:32
一般来说用对接结果做QSAR是最精确的方法，如果是用叠合的方法做要先选中叠合的模版分子，然后从最低能量构象开始试，如果Q2、R2不好就用构象搜索的方式试一下其他构象，做QSAR有运气成分在里边，因为最低能量构象不一定是活性构象，所以做个把月也是正常的祝你好运吧
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7楼2014-04-23 10:14:50
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飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wbingxin2012 at 2014-04-23 10:14:50
一般来说用对接结果做QSAR是最精确的方法，如果是用叠合的方法做要先选中叠合的模版分子，然后从最低能量构象开始试，如果Q2、R2不好就用构象搜索的方式试一下其他构象，做QSAR有运气成分在里边，因为最低能量构象不 ...

谢谢，做了好几个月了～还好有点改进，就是来回的换构象什么的～

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8楼2014-04-24 12:25:31
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