应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？
81/1返回列表
查看: 1910  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

[求助] 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？ 已有3人参与

用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，SEE的值大，r2值小，怎么提高q2？
用对接的方式做的叠q2为0.013，而用骨架叠合时q2为负值，求大神帮忙，这怎么提高q2啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-02 23:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飘落的丘陵: 金币+5, ★有帮助 2014-04-03 11:19:16
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-07 10:26:55
一，修正你的样本，二，选择你的叠合骨架，三，剔除不好的样本。。
赞一下 回复此楼
成功是一种标志
2楼2014-04-03 08:36:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YILUK

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+5 2014-04-06 15:51:34
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-07 10:26:59
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-06 11:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by YILUK at 2014-04-06 11:23:51
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果

一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-06 15:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-12 11:04:42
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2014-04-13 09:20:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘落的丘陵 at 2014-04-06 15:52:29
一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～
...

能量优化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同，后者结果更好，计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始，所以你的初始构象会影响你能量优化的结果，有些时候会试用晶体构象或者对接构象做初始点。
赞一下 回复此楼
5楼2014-04-12 01:07:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 01:07:20
能量优化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同，后者结果更好，计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始，所以你的初始构象会影响你能量优化的结果，有些时候会试用晶体构象或者对 ...

谢谢，用对接后的构象做能量优化再做做～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2014-04-12 11:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbingxin2012

银虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-24 18:21:32
一般来说用对接结果做QSAR是最精确的方法，如果是用叠合的方法做要先选中叠合的模版分子，然后从最低能量构象开始试，如果Q2、R2不好就用构象搜索的方式试一下其他构象，做QSAR有运气成分在里边，因为最低能量构象不一定是活性构象，所以做个把月也是正常的祝你好运吧
赞一下 回复此楼
7楼2014-04-23 10:14:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wbingxin2012 at 2014-04-23 10:14:50
一般来说用对接结果做QSAR是最精确的方法，如果是用叠合的方法做要先选中叠合的模版分子，然后从最低能量构象开始试，如果Q2、R2不好就用构象搜索的方式试一下其他构象，做QSAR有运气成分在里边，因为最低能量构象不 ...

谢谢，做了好几个月了～还好有点改进，就是来回的换构象什么的～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
8楼2014-04-24 12:25:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 飘落的丘陵 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂，262机械专硕 +7 嗯yyl 2026-04-08 7/350 2026-04-11 12:40 by zhq0425
[考研] 267求调剂 +3 一个叶子zsw 2026-04-05 4/200 2026-04-11 11:23 by zhq0425
[考研] 268分085602化学工程调剂 +27 月照花林。 2026-04-09 27/1350 2026-04-11 10:40 by maddjdld
[考研] 22408 352分求调剂0854类 +4 努力的夏末 2026-04-09 4/200 2026-04-11 09:57 by zhq0425
[考研] 中药学调剂 初试324 +4 洋甘菊、 2026-04-10 6/300 2026-04-11 09:41 by gong120082
[考研] 一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂 +17 努力奋斗112 2026-04-06 20/1000 2026-04-11 00:31 by wangjihu
[考研] 368求调剂 +3 17385968172 2026-04-10 3/150 2026-04-10 20:12 by 电子奥德彪
[考研] 293调剂 +25 yj1221 2026-04-08 26/1300 2026-04-10 15:02 by 柴小白
[考研] 青岛科技大学材料学院，环境学院调剂补录4月10日以前都可以 +3 1青科大。 2026-04-09 5/250 2026-04-10 09:58 by 翩翩一书生
[考研] 生物与医药273求调剂 +18 荔题南墙 2026-04-05 19/950 2026-04-10 08:14 by kangsm
[考研] 318求调剂 +13 ykyhsa 2026-04-05 15/750 2026-04-08 21:37 by wj165256
[考研] 一志愿吉大化学327求调剂 +12 王王白石 2026-04-06 13/650 2026-04-08 16:05 by luoyongfeng
[考研] 求调剂，现在还能填的 +3 上岸小莹加油 2026-04-08 3/150 2026-04-08 14:30 by zhq0425
[考研] 323求调剂 +3 林zlu 2026-04-07 4/200 2026-04-07 23:21 by lbsjt
[考研] 312求调剂 +18 gtw1 2026-04-06 20/1000 2026-04-07 18:16 by 蓝云思雨
[考研] 292求调剂 +4 lilllllxccc 2026-04-05 5/250 2026-04-07 09:29 by 纺大杨老师
[考研] 081200-11408-367学硕求调剂 +4 1_2_3111 2026-04-06 4/200 2026-04-07 08:13 by jp9609
[考研] 313求调剂 +5 海日海日 2026-04-04 5/250 2026-04-05 15:52 by jndximd
[考研] 男生，一志愿沪9生物学071000，初试308求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-04 3/150 2026-04-05 08:26 by barlinike
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭