应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？
81/1返回列表
查看: 2050  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

[求助] 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，怎么提高q2？ 已有3人参与

用sybyl做COMFA时q2值太小，有时还是负的，SEE的值大，r2值小，怎么提高q2？
用对接的方式做的叠q2为0.013，而用骨架叠合时q2为负值，求大神帮忙，这怎么提高q2啊？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-04-02 23:09:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
飘落的丘陵: 金币+5, ★有帮助 2014-04-03 11:19:16
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-04-07 10:26:55
一，修正你的样本，二，选择你的叠合骨架，三，剔除不好的样本。。
赞一下 回复此楼
成功是一种标志
2楼2014-04-03 08:36:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YILUK

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+5 2014-04-06 15:51:34
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-07 10:26:59
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果
赞一下 回复此楼
3楼2014-04-06 11:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by YILUK at 2014-04-06 11:23:51
多试试不同的小分子优化，能提高叠合的效果

一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-04-06 15:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-12 11:04:42
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2014-04-13 09:20:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘落的丘陵 at 2014-04-06 15:52:29
一般都是能量优化，还有其他的优化方法吗？谢谢～
...

能量优化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同，后者结果更好，计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始，所以你的初始构象会影响你能量优化的结果，有些时候会试用晶体构象或者对接构象做初始点。
赞一下 回复此楼
5楼2014-04-12 01:07:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by arthurii at 2014-04-12 01:07:20
能量优化也有不同方法，例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同，后者结果更好，计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始，所以你的初始构象会影响你能量优化的结果，有些时候会试用晶体构象或者对 ...

谢谢，用对接后的构象做能量优化再做做～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
6楼2014-04-12 11:07:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbingxin2012

银虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-04-24 18:21:32
一般来说用对接结果做QSAR是最精确的方法，如果是用叠合的方法做要先选中叠合的模版分子，然后从最低能量构象开始试，如果Q2、R2不好就用构象搜索的方式试一下其他构象，做QSAR有运气成分在里边，因为最低能量构象不一定是活性构象，所以做个把月也是正常的祝你好运吧
赞一下 回复此楼
7楼2014-04-23 10:14:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wbingxin2012 at 2014-04-23 10:14:50
一般来说用对接结果做QSAR是最精确的方法，如果是用叠合的方法做要先选中叠合的模版分子，然后从最低能量构象开始试，如果Q2、R2不好就用构象搜索的方式试一下其他构象，做QSAR有运气成分在里边，因为最低能量构象不 ...

谢谢，做了好几个月了～还好有点改进，就是来回的换构象什么的～

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
8楼2014-04-24 12:25:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 飘落的丘陵 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 面上再次挂了，太难了，躺也躺不了，倦也卷不过，小学校之殇！ +15 低垂的野花 2026-07-31 20/1000 2026-08-01 14:10 by gltch
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 18/900 2026-08-01 13:56 by gltch
[博后之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 8/400 2026-08-01 13:53 by y4XuShGyllvT
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:51 by y4XuShGyllvT
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 7/350 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 jzg3xk1po8 2026-07-31 10/500 2026-08-01 13:49 by y4XuShGyllvT
[基金申请] 小木虫看见有人已经知道结果了 +16 1234567wang 2026-07-25 20/1000 2026-08-01 08:57 by type2type
[基金申请] 微信指数没变化，科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[教师之家] 基础研究怎么拉横向，学校到款任务越来越多，难以完成 拉横向，都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 8/400 2026-07-31 18:13 by beefly
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液，是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了，估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[基金申请] 今年的WR进展到哪一步了？ +5 wsgjhwz 2026-07-25 9/450 2026-07-30 12:59 by 可淡不可忘
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[有机交流] 这个自发加氧反应的机理是什么？ 50+4 YUAN2273 2026-07-25 7/350 2026-07-29 12:27 by xiaobenpu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了，我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
[基金申请] 准备明年的基金了 +5 Tide man 2026-07-27 5/250 2026-07-28 09:25 by newfuzzy1
[分析] 水蒸气蒸馏法乳化现象 +3 月光娇娇 2026-07-26 3/150 2026-07-26 23:25 by caiyun
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭