24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1917  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

[求助] 求大神帮忙~用sybyl做COMFA时q2值太小,有时还是负的,怎么提高q2? 已有3人参与

用sybyl做COMFA时q2值太小,有时还是负的,SEE的值大,r2值小,怎么提高q2?
用对接的方式做的叠q2为0.013,而用骨架叠合时q2为负值,求大神帮忙,这怎么提高q2啊?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-04-12 11:04:42
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2014-04-13 09:20:43
引用回帖:
4楼: Originally posted by 飘落的丘陵 at 2014-04-06 15:52:29
一般都是能量优化,还有其他的优化方法吗?谢谢~
...

能量优化也有不同方法,例如sybyl自己的minimize跟Gauss的优化结果就不同,后者结果更好,计算时间长很多。能量优化毕竟是在初始构象开始,所以你的初始构象会影响你能量优化的结果,有些时候会试用晶体构象或者对接构象做初始点。
5楼2014-04-12 01:07:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

126406380

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
飘落的丘陵: 金币+5, 有帮助 2014-04-03 11:19:16
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-04-07 10:26:55
一,修正你的样本,二,选择你的叠合骨架,三,剔除不好的样本。。
成功是一种标志
2楼2014-04-03 08:36:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

YILUK

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
飘落的丘陵: 金币+5 2014-04-06 15:51:34
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-07 10:26:59
多试试不同的小分子优化,能提高叠合的效果
3楼2014-04-06 11:23:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飘落的丘陵

金虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by YILUK at 2014-04-06 11:23:51
多试试不同的小分子优化,能提高叠合的效果

一般都是能量优化,还有其他的优化方法吗?谢谢~

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-04-06 15:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 344 材料专业 求调剂211 无地域要求 +5 hualkop 2026-04-11 5/250 2026-04-11 23:13 by 852137818
[考研] 化工调剂求导师收留!一志愿失利,踏实肯干,有植物提取科研经历 +19 yzyzx 2026-04-09 20/1000 2026-04-11 23:08 by 852137818
[考研] 调剂 +10 只叙离别辞 2026-04-09 12/600 2026-04-11 20:57 by 逆水乘风
[考研] 296求调剂 +14 汪!?! 2026-04-08 15/750 2026-04-11 20:28 by dongdian1
[考研] 305求调剂 +6 玛卡巴卡boom 2026-04-11 6/300 2026-04-11 19:00 by wutongshun
[考研] 280求调剂 +6 兮兮夜夜 2026-04-09 9/450 2026-04-11 12:16 by zhq0425
[考研] 求调剂 +6 archer.. 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:55 by zhq0425
[考研] 计算机11408,286分求调剂 +10 木子念晞 2026-04-05 10/500 2026-04-11 10:44 by zhq0425
[考研] 296求调剂 +13 汪!?! 2026-04-10 15/750 2026-04-11 10:31 by 逆水乘风
[考研] 311求调剂 +13 xyp想读书 2026-04-10 14/700 2026-04-11 09:41 by 猪会飞
[考研] 生物学308求调剂(一志愿华东师大) +6 相信必会光芒万 2026-04-10 6/300 2026-04-11 05:23 by zhuwenxu
[考研] 求调剂 +5 不会飞的鱼@ 2026-04-10 5/250 2026-04-10 19:07 by chemisry
[考研] 调剂 +19 不逢春 2026-04-05 20/1000 2026-04-10 10:15 by may_新宇
[考研] 314求调剂 +14 weltZeng 2026-04-09 14/700 2026-04-09 23:14 by wolf97
[考研] 278求调剂 +27 范婷娜 2026-04-07 31/1550 2026-04-09 20:49 by zhouxiaoyu
[考研] 一志愿华南师范大学0702物理学305调剂 +4 念常安 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:53 by bljnqdcc
[考研] 材料考研求调剂总分280 +30 mkjlz1 2026-04-06 35/1750 2026-04-08 21:25 by cyh—315
[考研] 336求调剂,一志愿中科大 +9 墨彧 yuyu 2026-04-06 9/450 2026-04-08 11:24 by 想读书的菌菌
[考研] (调剂)一志愿报考哈尔滨工业大学0857资源与环境专业378分考生 +7 狠狠加油 2026-04-05 8/400 2026-04-06 16:52 by momo皓
[考研] 一志愿武汉理工大学080200机械工程308分,求调剂 +4 终不似从前 2026-04-05 4/200 2026-04-06 11:46 by 考研学校招点人
信息提示
请填处理意见