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linda19918银虫 (小有名气)
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第一次用VASP，学了几天了，怎么用脚本来找合适的ENCUT，按照说明说总是出错 已有2人参与
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#!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>comment done 然后运行该脚本，该脚本的名字为new，输入的sh new过后出现一下提示： : No such file or directory rm: cannot remove `WAVECAR\r': No such file or directory 'ew: line 4: syntax error near unexpected token `do 'ew: line 4: `do 我该怎么去修改或者我的操作是错误的， PS:INCAR,POSCAR,POTCAR,KPONTS都有 |
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3楼2014-03-28 09:14:43
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-07 21:59:49
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franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-07 21:59:49
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我的脚本，希望对你有用。 #!/bin/sh APP_NAME=intelg_mid NP=12 NP_PER_NODE=12 RUN="RAW" CURDIR=$PWD VASP=~/bin/vasp.5.2.11-mp source /home-gg/compiler/intel/composer_xe_2011_sp1/bin/compilervars.sh intel64 source /home-gg/compiler/mpi/openmpi-1.4.4-intel.sh cd $CURDIR #start creating .nodelist rm -rf $CURDIR/nodelist >& /dev/null for i in `echo $LSB_HOSTS` do echo "$i" >> $CURDIR/nodelist done nodelist=$(cat $CURDIR/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',') rm WAVECAR for i in 400 450 500 550 600 do cat > INCAR <<! SYSTEM=SiC ENCUT=$i ISTART=0;ICHARG=2 ISMEAR=-5 PREC=high ! echo "ENCUT= $i eV" mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'` KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf"%12.4f \n", $5}'` echo $i $E >> comment # # echo -n "start time " > time date >> time mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $VASP &> vasp.out echo -n "end time " >> time ; date >> time cat time >> vasp.out done # # exit |
2楼2014-03-27 16:51:47
linda19918
银虫 (小有名气)
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4楼2014-04-06 19:19:28
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5楼2014-04-06 19:21:12
