| 查看: 1088 | 回复: 5 | ||
linda19918银虫 (小有名气)
|
[求助]
第一次用VASP，学了几天了，怎么用脚本来找合适的ENCUT，按照说明说总是出错 已有2人参与
|
|
#!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>comment done 然后运行该脚本，该脚本的名字为new，输入的sh new过后出现一下提示： : No such file or directory rm: cannot remove `WAVECAR\r': No such file or directory 'ew: line 4: syntax error near unexpected token `do 'ew: line 4: `do 我该怎么去修改或者我的操作是错误的， PS:INCAR,POSCAR,POTCAR,KPONTS都有 |
回复此楼» 猜你喜欢
275求调剂
已经有14人回复
-
调剂310
已经有6人回复
-
283求调剂
已经有3人回复
-
085602 化工专硕 338分 求调剂
已经有12人回复
-
312，生物学求调剂
已经有3人回复
-
化学0703 调剂 306分 一志愿211
已经有4人回复
-
311（085601）求调剂
已经有3人回复
-
复试调剂
已经有3人回复
-
本科双非材料，跨考一志愿华电085801电气，283求调剂，任何专业都可以
已经有6人回复
-
材料与化工272求调剂
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- vasp ENCUT d的选择与测试问题
已经有3人回复
- 请问单机装VASP，装并行好还是串行好？
已经有15人回复
- VASP+PHON算声子谱
已经有9人回复
- VASP中如何查看正在运行程序的源文件
已经有3人回复
- 关于VASP的入门级问题，VASP需要的四个输入文件怎样产生？
已经有8人回复
- vasp算的能量相加减是否需要设置相同的ENCUT和ISMEAR以及SIGMA?
已经有8人回复
- VASP 运行报错
已经有11人回复
- vasp 安装成功 运行出错（详见内容）
已经有3人回复
- 提交VASP任务，总是排队，不让计算！！
已经有30人回复
- VASP 计算E-V曲线求助。。
已经有10人回复
- 很奇怪的问题，vasp计算ENCUT设大就不让计算，高手帮忙啊！
已经有26人回复
- 请问大侠，我初学Vasp，对于linux系统应该怎样学？
已经有16人回复
- 在vasp计算里，有没有好的只优化原子位置和晶胞体积的方法？
已经有8人回复
- 【活动or资源】vasp晶体结构优化
已经有142人回复
- 【求助】求将vasp的输出文件转化成xyz坐标的脚本
已经有11人回复
- 【求助】跑vasp时, mpich2运行有时有问题
已经有6人回复
- 【求助】vasp运行问题
已经有7人回复
- 【求助】为什么vasp运行时cpu使用率很不均衡？
已经有9人回复
【答案】应助回帖
★ ★
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-07 21:59:49
感谢参与，应助指数 +1
franch: 金币+2, 谢谢回帖交流。。。 2014-04-07 21:59:49
|
我的脚本，希望对你有用。 #!/bin/sh APP_NAME=intelg_mid NP=12 NP_PER_NODE=12 RUN="RAW" CURDIR=$PWD VASP=~/bin/vasp.5.2.11-mp source /home-gg/compiler/intel/composer_xe_2011_sp1/bin/compilervars.sh intel64 source /home-gg/compiler/mpi/openmpi-1.4.4-intel.sh cd $CURDIR #start creating .nodelist rm -rf $CURDIR/nodelist >& /dev/null for i in `echo $LSB_HOSTS` do echo "$i" >> $CURDIR/nodelist done nodelist=$(cat $CURDIR/nodelist | uniq | awk '{print $1}' | tr '\n' ',') rm WAVECAR for i in 400 450 500 550 600 do cat > INCAR <<! SYSTEM=SiC ENCUT=$i ISTART=0;ICHARG=2 ISMEAR=-5 PREC=high ! echo "ENCUT= $i eV" mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'` KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf"%12.4f \n", $5}'` echo $i $E >> comment # # echo -n "start time " > time date >> time mpirun -np $NP -machinefile $CURDIR/nodelist $VASP &> vasp.out echo -n "end time " >> time ; date >> time cat time >> vasp.out done # # exit |
2楼2014-03-27 16:51:47
3楼2014-03-28 09:14:43
linda19918
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 235
- 散金: 25
- 帖子: 109
- 在线: 23.1小时
- 虫号: 2778873
- 注册: 2013-11-05
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2014-04-06 19:19:28
linda19918
银虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 235
- 散金: 25
- 帖子: 109
- 在线: 23.1小时
- 虫号: 2778873
- 注册: 2013-11-05
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
5楼2014-04-06 19:21:12
magicmonk
至尊木虫 (著名写手)
- 应助: 172 (高中生)
- 金币: 11451.3
- 红花: 24
- 帖子: 1124
- 在线: 3108.8小时
- 虫号: 1191315
- 注册: 2011-01-17
- 专业: 理论和计算化学
6楼2014-04-09 15:47:39
