| 查看: 2312 | 回复: 2 | |||||
[交流]
转录因子预测位点序列方向的问题 已有1人参与
|
|
大家好，我生化学得不好，这里有两个疑问？向大家请教。 1.我通过检索得到了一个基因的上游2000个bp的序列（5端到3端），然后通过软件预测转录因子的结合位点，比如说是ATGCCT(应该是5端到3端），那么这个序列里也含有ATGCCT (5端到3端）的反向序列(非互补）TCCGTA(5端到3端），那么转录因子依然会结合这个位点吗？，如果会结合的话，转录方向是不是会相反？ 2.因为转录因子结合位点所指的序列ATGCCT 应该是编码链的序列吧？如果模板链3端（也就是编码链的5端）也含有序列也是ATGCCT（5端到3端）,那么启动子依然会识别吗？与上述第一个问题一样，模板链若也存在反向序列(非互补）TCCGTA(5端到3端），那么转录方向会相反吗？ 求高手解答，谢谢！  |
回复此楼» 猜你喜欢
Fexaramine：肠道限制性FXR化学探针，结构特征与信号通路研究全解析
已经有0人回复
-
NVS-STG2：靶向STING跨膜域的分子胶类激动剂，结构特征与寡聚化机制研究全解析
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有73人回复
-
DOTA-GPC3肽（CAS 3066439-94-6）：双功能分子探针前体的结构特征与标记应用解析
已经有0人回复
-
科研用 TLR7/8 双激动剂怎么选？现货与质控要点
已经有0人回复
-
SEL120-34A HCl：CDK8/CDK19高选择性激酶抑制剂
已经有0人回复
-
氢氧化钾活化操作
已经有18人回复
-
散金
已经有68人回复
-
生物质超级电容器
已经有0人回复
-
ALK5 高选择性小分子 LY-3200882：可放大合成路线与质控要点解析
已经有0人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 怎么才能从一个基因组序列中,把我想要的x到y位点之间的序列一下子就弄到?
已经有15人回复
- 为什么转录因子结合很多基因调控序列却不影响基因表达？
已经有8人回复
- 如何查找一段基因序列的启动子？
已经有3人回复
- 如何》在全基因组中搜索 转录因子的binding site ？
已经有4人回复
- 如何确定基因位点
已经有12人回复
- EST序列是什么啊？具体作用是什么啊？
已经有8人回复
- 原核生物的转录因子结合到了基因内部，可能有什么作用？
已经有3人回复
- TRANSFAC：想要分析转录因子结合位点 老板让用 TRANSFAC，求指教
已经有8人回复
- 查找基因的转录因子
已经有11人回复
- 文献所示启动子区共有结合序列 T K R Y什么意思
已经有3人回复
- 如何查找一个基因的转录起始位点
已经有4人回复
- 求助：关于基因表达中调控蛋白和转录调控蛋白的连接和表达
已经有5人回复
- 【求助/交流】定点突变方法突变位点的确定
已经有8人回复
- 【求助/交流】启动子与5UTR区的困惑
已经有6人回复
- 转录因子结合位点预测
已经有1人回复
- 【转帖】启动子及转录因子结合位点数据库及预测工具
已经有1人回复
biostar2009
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +220 - MolEPI: 20
- 应助: 231 (大学生)
- 金币: 10419.9
- 散金: 387
- 红花: 63
- 帖子: 540
- 在线: 151.9小时
- 虫号: 2811882
- 注册: 2013-11-19
- 专业: 生物化学
- 管辖: 分子生物
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-27 15:14:48
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-27 15:14:48
|
你的问题很有代表性 不管是原核还是真核转录，都需要一堆蛋白，其中的DNA结合蛋白占有关键作用。 DNA结合蛋白，识别的是双链DNA，结合位点往往在DNA双螺旋的大沟和小沟，也就是说，虽然人们习惯性的说某个转录因子结合例如ATCGATCG，其实人家真正识别是的 5‘-ATCGATCG-3’ 3-TAGCTAGC-5‘ 这样一个DNA双螺旋。 至于转录方向，并非这些转录因子能够决定的，而是决定于RNA聚合酶，但是RNA聚合酶往往又需要这些转录因子的帮助，才能结合到DNA上，所以到底往哪边走，是一群蛋白共同操纵RNA聚合酶的结果。 |
2楼2014-03-26 21:55:41
3楼2014-03-27 17:30:21
30