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转录因子预测位点序列方向的问题 已有1人参与
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大家好，我生化学得不好，这里有两个疑问？向大家请教。 1.我通过检索得到了一个基因的上游2000个bp的序列（5端到3端），然后通过软件预测转录因子的结合位点，比如说是ATGCCT(应该是5端到3端），那么这个序列里也含有ATGCCT (5端到3端）的反向序列(非互补）TCCGTA(5端到3端），那么转录因子依然会结合这个位点吗？，如果会结合的话，转录方向是不是会相反？ 2.因为转录因子结合位点所指的序列ATGCCT 应该是编码链的序列吧？如果模板链3端（也就是编码链的5端）也含有序列也是ATGCCT（5端到3端）,那么启动子依然会识别吗？与上述第一个问题一样，模板链若也存在反向序列(非互补）TCCGTA(5端到3端），那么转录方向会相反吗？ 求高手解答，谢谢！  |
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biostar2009
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kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-03-27 15:14:48
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你的问题很有代表性 不管是原核还是真核转录，都需要一堆蛋白，其中的DNA结合蛋白占有关键作用。 DNA结合蛋白，识别的是双链DNA，结合位点往往在DNA双螺旋的大沟和小沟，也就是说，虽然人们习惯性的说某个转录因子结合例如ATCGATCG，其实人家真正识别是的 5‘-ATCGATCG-3’ 3-TAGCTAGC-5‘ 这样一个DNA双螺旋。 至于转录方向，并非这些转录因子能够决定的，而是决定于RNA聚合酶，但是RNA聚合酶往往又需要这些转录因子的帮助，才能结合到DNA上，所以到底往哪边走，是一群蛋白共同操纵RNA聚合酶的结果。 |
2楼2014-03-26 21:55:41
3楼2014-03-27 17:30:21