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Yocan2012

新虫 (小有名气)

[求助] 植物基因组提取已有4人参与

最近在做植物基因组提取,用来测序建库使用的。使用的是植物(菊科)的种子作为材料,液氮研磨破碎,CTAB法提取,除了没有使用Tris饱和酚外,其他完全按照CTAB法进行操作。结果见图。此外,有时候提取到的只有250 bp大小的片段,有的时候根本什么也提取不到。但是,在年前做预实验的时候提取的效果是非常好的,20 kb的条带非常好。现在却怎么都重复不出来。求高人指点。
上图为现在的情况,下图为预实验提取的情况,所用maker均为Takara DL15000。

植物基因组提取
未标题-1.jpg


植物基因组提取-1
提取-1.png

[ Last edited by Yocan2012 on 2014-3-18 at 13:18 ]
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花雨sky

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
11楼: Originally posted by Yocan2012 at 2014-03-20 09:27:01
白色沉淀非常多,然后离心,洗涤,加TE溶解。但是上样跑胶后,就是上面那个死样子。不过,nanodrop上面测的核算浓度却能达到几百纳克每微升。...

估计是杂质含量较高,你的材料里富含多糖、多酚吗,可以在CTAB之前,样品研磨完之后用TE-NaCl清洗几次。
12楼2014-03-20 11:30:04
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starseeker

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
Yocan2012(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-19 16:05:12
你的电泳图下方过亮有点看不清楚,但粗略看可能是你提到的DNA降解了,你在提取过程中有没有剧烈的震荡?
2楼2014-03-18 16:00:55
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yipan

铜虫 (职业作家)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
Yocan2012(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-19 16:05:31
不要剧烈摇晃,操作应该温和,这样才能最大化的保证DNA的完整性。
3楼2014-03-18 16:14:50
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
Yocan2012(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-19 16:06:09
植物DNA的提取技术及注意事项
http://chinaaoju.blog.163.com/bl ... 961201211136154169/
4楼2014-03-18 16:33:00
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