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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2025级博士研究生招生报考通知
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Yocan2012

新虫 (小有名气)

[求助] 植物基因组提取已有4人参与

最近在做植物基因组提取,用来测序建库使用的。使用的是植物(菊科)的种子作为材料,液氮研磨破碎,CTAB法提取,除了没有使用Tris饱和酚外,其他完全按照CTAB法进行操作。结果见图。此外,有时候提取到的只有250 bp大小的片段,有的时候根本什么也提取不到。但是,在年前做预实验的时候提取的效果是非常好的,20 kb的条带非常好。现在却怎么都重复不出来。求高人指点。
上图为现在的情况,下图为预实验提取的情况,所用maker均为Takara DL15000。

植物基因组提取
未标题-1.jpg


植物基因组提取-1
提取-1.png

[ Last edited by Yocan2012 on 2014-3-18 at 13:18 ]
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Yocan2012

新虫 (小有名气)

引用回帖:
10楼: Originally posted by 花雨sky at 2014-03-19 18:54:34
不就是要收集沉淀的嘛,我加完乙醇和乙酸钠之后沉淀半个小时,离心收集沉淀,再进行乙醇清洗沉淀。要是你加完之后白色絮状物很多的话就可以直接离心收集沉淀,,不用等半个小时了,这种做法的前提是你的DNA量要多。 ...

白色沉淀非常多,然后离心,洗涤,加TE溶解。但是上样跑胶后,就是上面那个死样子。不过,nanodrop上面测的核算浓度却能达到几百纳克每微升。
11楼2014-03-20 09:27:01
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starseeker

铜虫 (初入文坛)

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Yocan2012(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-19 16:05:12
你的电泳图下方过亮有点看不清楚,但粗略看可能是你提到的DNA降解了,你在提取过程中有没有剧烈的震荡?
2楼2014-03-18 16:00:55
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yipan

铜虫 (职业作家)


【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
Yocan2012(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-19 16:05:31
不要剧烈摇晃,操作应该温和,这样才能最大化的保证DNA的完整性。
3楼2014-03-18 16:14:50
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zhenwuhuang

至尊木虫 (文学泰斗)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
Yocan2012(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-03-19 16:06:09
植物DNA的提取技术及注意事项
http://chinaaoju.blog.163.com/bl ... 961201211136154169/
4楼2014-03-18 16:33:00
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