24小时热门版块排行榜    

查看: 961  |  回复: 3
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

pinwei2014

铜虫 (初入文坛)

[交流] phonopy求助 已有2人参与

我建了一个4 5 6的超胞,算完之后得到了vasprun.xml-001,vasprun.xml-002.vasprun.xml-003
结果用phonopy算力常数的时候出现了如下错误:
lbg@lbg-Precision-T5610:~/PHONOPY/phonopy-1.8.3/work/Au_456$ phonopy -f vasprun.xml-001 vasprun.xml-002 vasprun.xml-003
        _                                    
  _ __ | |__   ___  _ __   ___   _ __  _   _
| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | |
| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| |
| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, |
|_|                            |_|    |___/

                                     1.8.3

counter (file index):
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/phonopy", line 437, in <module>
    is_zero_point=options.force_sets_zero_mode)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/phonopy/file_IO.py", line 190, in write_FORCE_SETS_vasp
    etree.iterparse(force_files, tag='varray'))
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/phonopy/interface/vasp.py", line 95, in get_forces_vasprun_xml
    for event, element in vasprun:
  File "iterparse.pxi", line 478, in lxml.etree.iterparse.__next__ (src/lxml/lxml.etree.c:98432)
  File "iterparse.pxi", line 530, in lxml.etree.iterparse._read_more_events (src/lxml/lxml.etree.c:98953)
  File "parser.pxi", line 590, in lxml.etree._raiseParseError (src/lxml/lxml.etree.c:74696)
lxml.etree.XMLSyntaxError: Extra content at the end of the document, line 3687, column 15

求指点
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zuocuiping at 2016-05-24 17:07:08
您好,这个问题,您解决了吗?
谢谢

这种情况一般是计算各个vasprun.xml时,意外退出没算完导致的,重新算一次应该就可以
你想要什么,如何得到想要的,现在应该怎么做?
3楼2016-05-27 10:16:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 4 个回答

zuocuiping

木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您好,这个问题,您解决了吗?
谢谢
2楼2016-05-24 17:07:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zuocuiping

木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是的,已经算出来了!

发自小木虫Android客户端
4楼2016-05-27 10:45:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +5 研研,接电话 2026-03-24 6/300 2026-03-24 11:39 by 星空星月
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +18 chaojifeixia 2026-03-19 20/1000 2026-03-24 10:34 by dolphin_ycj
[考研] 07化学280分求调剂 +4 722865 2026-03-23 4/200 2026-03-24 00:01 by chixmc
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +11 手机用户 2026-03-17 12/600 2026-03-23 23:51 by 热情沙漠
[考研] 333求调剂 +3 ALULU4408 2026-03-23 3/150 2026-03-23 19:04 by macy2011
[考研] 316求调剂 +7 梁茜雯 2026-03-19 7/350 2026-03-23 16:21 by lingjue
[考研] 291求调剂 +5 孅華 2026-03-22 5/250 2026-03-23 09:20 by haoshis
[考研] 一志愿070300浙大化学358分,求调剂! +4 酥酥鱼.. 2026-03-21 4/200 2026-03-23 08:12 by Iveryant
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-18 6/300 2026-03-22 20:18 by edmund7
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-20 3/150 2026-03-22 14:46 by ColorlessPI
[考研] 303求调剂 +5 安忆灵 2026-03-22 6/300 2026-03-22 12:46 by 素颜倾城1988
[考研] 求助 +5 梦里的无言 2026-03-21 6/300 2026-03-21 17:51 by 学员8dgXkO
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 274求调剂 +10 S.H1 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:51 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +8 小材化本科 2026-03-18 8/400 2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 中南大学化学学硕337求调剂 +3 niko- 2026-03-19 6/300 2026-03-20 21:58 by luoyongfeng
[考研] 353求调剂 +3 拉钩不许变 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:56 by JourneyLucky
[考研] 一志愿福大288有机化学,求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 材料,纺织,生物(0856、0710),化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
信息提示
请填处理意见