应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用phonopy计算声子谱的问题
171/2返回列表12下一页
查看: 4255  |  回复: 16
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hhshimin

新虫 (小有名气)

[求助] 用phonopy计算声子谱的问题

用phonopy和vasp做接口计算声子谱，空间群为I-4m2已用vasp计算了原子受力，但是在画声子谱时当输入命令phonopy  -p后没有生成声子谱图，而是出现了以下信息
Band structure mode
Settings:
  Supercell:  [1 1 1]
Spacegroup:  I-4 m 2 (119)
Traceback (most recent call last):
  File "/home/wulixi/software/phonopy-0.9.1.4/bin/phonopy", line 493, in
    forces = file_IO.parse_FORCES( supercell )
  File "/home/wulixi/software/phonopy-0.9.1.4/lib/python/phonopy/file_IO.py", line 25, in parse_FORCES
    atom_number = int( line[0] )
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '-0.0418223000'
我弄不明白是怎么回事了，请教虫友帮帮我，非常感谢
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-06-21 09:52:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hedaors

禁虫 (正式写手)

隐清堂主

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-06-21 10:58:42
hhshimin(金币+5): 首先谢谢你的回复，可以再多说点吗，我是新手，所以还是搞不懂具体应该怎么操作才行 2011-06-23 09:12:00
你仔细检查一下 你生成的 FORCES 文件，应该是有错误～
原因可能是你计算的 vasp 自洽有问题～
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-21 10:28:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
请把具体的INCAR/POSCAR/vasprun.xml等贴出来，这样比较好方便判断问题所在
赞一下 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
3楼2011-06-26 15:03:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

enola

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
uuv2010(金币+1): 多谢交流 2011-06-26 20:14:17
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-06-27 16:03:38
hhshimin(金币+2): 2011-06-27 16:52:11
引用回帖:
Originally posted by hhshimin at 2011-06-21 09:52:12:
用phonopy和vasp做接口计算声子谱，空间群为I-4m2已用vasp计算了原子受力，但是在画声子谱时当输入命令phonopy  -p后没有生成声子谱图，而是出现了以下信息
Band structure mode
Settings:
  Supercell:  [1 ...

先用vasp算啊。。。
再提取vasprun.xm计算力（里面有两种获得力的方法，一种是设置IBRON=8，还有一种是IBRON=-1）
然后再计算声子。。。
需要看下手册。。。
赞一下(2人) 回复此楼
timeflies..
4楼2011-06-26 15:37:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

positron

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-06-26 15:37:18:
先用vasp算啊。。。
再提取vasprun.xm计算力（里面有两种获得力的方法，一种是设置IBRON=8，还有一种是IBRON=-1）
然后再计算声子。。。
需要看下手册。。。

除了IBRON参数外，还有哪些参数要特别设置呢？

还有就是QHA计算的时候，那个v-e.dat的数据是对应的POSCAR（POSCAR-0）的不同的比例系数的V-E值还是经过displacement后的POSCAR（如POSCAR-001）的V-E值呢？
赞一下 回复此楼
5楼2011-06-26 17:16:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhshimin

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hedaors at 2011-06-21 10:28:53:
你仔细检查一下 你生成的 FORCES 文件，应该是有错误～
原因可能是你计算的 vasp 自洽有问题～

我的INCAR文件

SYSTEM = Various- local optimisation
PREC = Accurate
ENCUT = 400
EDIFF = 1e-5
IBRION = 1
ISIF =2
NSW = 100
ISMEAR =0
SIGMA = 0.2
POTIM = 0.1
#No writing charge density and wavefunction
LCHARG = FALSE
LWAVE = FALSE
#Target Pressure
#Finer optimization
EDIFFG = 2e-4
赞一下 回复此楼
6楼2011-06-27 09:26:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhshimin

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by iamikaruk at 2011-06-26 15:03:22:
请把具体的INCAR/POSCAR/vasprun.xml等贴出来，这样比较好方便判断问题所在

我的INCAR文件

SYSTEM = Various- local optimisation
PREC = Accurate
ENCUT = 400
EDIFF = 1e-5
IBRION = 1
ISIF =2
NSW = 100
ISMEAR =0
SIGMA = 0.2
POTIM = 0.1
#No writing charge density and wavefunction
LCHARG = FALSE
LWAVE = FALSE
#Target Pressure
#Finer optimization
EDIFFG = 2e-4
赞一下 回复此楼
7楼2011-06-27 09:28:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-06-27 10:24:35
你是用vasp自己算force constant还是用vasp算力？
如果是后者的话不用优化
赞一下(1人) 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
8楼2011-06-27 09:55:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

信任开花

铁杆木虫 (知名作家)
★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加讨论 2011-06-27 10:25:11
引用回帖:
Originally posted by iamikaruk at 2011-06-27 09:55:23:
你是用vasp自己算force constant还是用vasp算力？
如果是后者的话不用优化

用vasp算力的话，那INCAR要如何修改呢？

去掉哪些参数或者添加哪些参数方可？
赞一下(1人) 回复此楼
从不温柔，从不体贴，从不讲理
9楼2011-06-27 10:13:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamikaruk

木虫 (著名写手)
★ ★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-06-27 10:25:22
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-06-27 16:04:06
引用回帖:
Originally posted by 信任开花 at 2011-06-27 10:13:24:
用vasp算力的话，那INCAR要如何修改呢？

去掉哪些参数或者添加哪些参数方可？

用vasp算力，也就是有POSCAR-00X的情况，只要做SCF就可以了，不用做结构优化，不用移动原子位置
赞一下(3人) 回复此楼
[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
10楼2011-06-27 10:14:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hhshimin 的主题更新
171/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +11 kulium 2026-08-21 14/700 2026-08-24 02:12 by 流流伤
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +4 炎黄贵胄 2026-08-22 5/250 2026-08-24 02:09 by 流流伤
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +16 羊腰板 2026-08-21 17/850 2026-08-23 23:02 by tianxiaochun
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +12 大萍1987 2026-08-20 15/750 2026-08-23 20:44 by 大萍1987
[基金申请] 什么时候开奖？ +9 CrisMessi 2026-08-18 10/500 2026-08-23 12:03 by 丶昵称占用
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +13 ziyangfang 2026-08-19 16/800 2026-08-22 17:08 by WH3796
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 时间戳今天，20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +16 医学老男孩 2026-08-20 20/1000 2026-08-21 21:13 by Ldrop2023
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭