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souledge

专家顾问 (著名写手)

[求助] Abinit计算声子问题

开始接触使用Abinit 6.10.2计算声子色散谱,使用FCC结构的TiC练手。赝势是PBE的FHI,同一个赝势在PWscf下也计算过声子谱,效果良好。
Abinit 6.10.2使用ifort+MPICH2编译,绝大多数数学库都是使用自带的。
TiC的结构已经收敛过,下面是声子计算输入文件,从例trf2_1.in修改来的:
CODE:
# Calculating for TiC's Phonon Dispersion

ndtset  10

# Data set 1, ground state calculation

getwfk1  0

rfphon1  0

toldfe1  1.0d-10

kptopt1  1

nqpt1  0

# q-mesh

nqpt  1

qpt2   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000

qpt3   0.000000000000000    0.000000000000000    0.000000000000000

qpt4  -0.250000000000000    0.250000000000000   -0.250000000000000

qpt5   0.500000000000000   -0.500000000000000    0.500000000000000

qpt6   0.000000000000000    0.500000000000000    0.000000000000000

qpt7   0.750000000000000   -0.250000000000000    0.750000000000000

qpt8   0.500000000000000    0.000000000000000    0.500000000000000

qpt9   0.000000000000000   -1.000000000000000    0.000000000000000

qpt10  -0.500000000000000   -1.000000000000000    0.000000000000000

# Data set 2, non-scf calculation for d/dk

iscf2  -3

kptopt2  2

rfphon2  0

rfelfd2  2

tolwfr2  1.0d-18

# Data set 3, DFPT calculation at Gamma point

getddk3  2

kptopt3  2

rfelfd3  2

# Other data set

getwfk  1

kptopt  3

rfphon  1

rfatpol  1  2

rfdir  1  1  1

tolvrs  1.0d-9

# Common variables

acell  3*8.23512

rprim
     0.0  0.5  0.5
     0.5  0.0  0.5
     0.5  0.5  0.0

ntypat  2

natom  2

znucl  22  6

typat  1  2

xred
     0.0  0.0  0.0
     0.5  0.5  0.5

#nband  15

ixc  11

ecut  45

ecutsigx  150

ngkpt  13  13  13

nshiftk  4

shiftk
     0.5  0.5  0.5
     0.5  0.0  0.0
     0.0  0.5  0.0
     0.0  0.0  0.5

iscf  7

nstep  100

对于Data Set 1是木有任何悬念的通过的。但是到了第二步,也就是d/dk的求解时,就总是在100步内无法收敛,并且速度很慢,占用内存也非常多(7GB左右):
引用回帖:
ETOT 92  -28.746650734561     -1.421E-14 5.901E-01 0.000E+00
ETOT 93  -28.746650734561      7.105E-15 6.403E-01 0.000E+00
ETOT 94  -28.746650734561     -1.066E-14 6.117E-01 0.000E+00
ETOT 95  -28.746650734561     -1.776E-14 6.403E-01 0.000E+00
ETOT 96  -28.746650734561     -3.553E-15 6.351E-01 0.000E+00
ETOT 97  -28.746650734561      3.553E-15 7.485E-01 0.000E+00
ETOT 98  -28.746650734561      1.421E-14 6.599E-01 0.000E+00
ETOT 99  -28.746650734561      0.000E+00 6.402E-01 0.000E+00
ETOT100  -28.746650734561      1.066E-14 7.663E-01 0.000E+00

scprqt:  WARNING -
  nstep=  100 was not enough SCF cycles to converge;
  maximum residual=  7.663E-01 exceeds tolwfr=  1.000E-18

但是有意思的是,即使没有收敛,也可以在三次Interation后通过Data Set 2的计算……
第三步是计算Gamma点的动力学矩阵,也没什么问题。
第四步,出现问题:
引用回帖:
-P-0000  inwffil: ERROR
-P-0000   The file TiC.o_DS1_WFK cannot be used to start the
-P-0000   present calculation. It was asked that the wavefunctions be accurate, but
-P-0000   at least one of the k points could not be generated from a symmetrical one.
-P-0000   dksqmax=    5.642419E-05
-P-0000   Action: check your wf file and k point input variables
-P-0000     (e.g. kptopt or shiftk might be wrong in the present dataset or the preparatory one.

同样的精度在PWscf中只需要五个小时内就可以完成(6核并行),并且内存占用非常少~为什么在Abinit中就不但是计算失败,连内存占用都那么痛苦呢……
有没有人也遇到过这样的问题,或者有什么方法解决的呢……
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思想重于技巧,内涵重于表象
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souledge

专家顾问 (著名写手)

souledge: 回帖置顶 2011-12-10 20:36:53
souledge: 取消置顶 2011-12-10 20:37:17
好吧,上面的问题算是解决了,是k点的设置问题~
不过紧接着出了另一个问题,在计算到Data Set 8的时候,也就是在q=(0.5, 0.5, 0.5)时,会有这样的错误出现,停止计算:
CODE:
ewald3 : ERROR -
  The phonon wavelength should not be zero :
  there are non-analytical terms that the code cannot handle.
  Action : subtract this wavelength from the input.
-P-0000
-P-0000  leave_new : decision taken to exit ...

上面的错误在Windows版的6.8.1和Linux下的6.10.2都会发生,说明不是编译的问题~并且更换了不同的赝势,也会发生……
思想重于技巧,内涵重于表象
2楼2011-12-10 20:35:57
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souledge

专家顾问 (著名写手)


franch(金币+1): 还你金币啦 2011-12-13 09:41:59
好吧……以上问题都给俺自己解决了……版主能否返还俺的金币呢……
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3楼2011-12-12 12:36:23
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pariah

铜虫 (小有名气)

souledge,看了你那个xcrysden的帖子,可是没有crystall软件,那个craystall input就是灰色的,不知道你那有crystall的软件包不?
4楼2011-12-29 16:31:43
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by souledge at 2011-12-12 12:36:23:
好吧……以上问题都给俺自己解决了……版主能否返还俺的金币呢……

怎么解决的呢?可否分享一下……  谢谢!
嘟啦啦嘟啦啦嘟
5楼2011-12-29 16:46:43
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ljludwig

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-12-29 16:46:43
怎么解决的呢?可否分享一下……  谢谢!...

不是qpt8的时候,而是qpt9=0 -1 0的问题。

这时候的gamma声子波长为零,是非解析的。要另外计算;还要给出趋近这个非解析声子的方向,不同方向可能得到不同的结果。

对于Gamma声子,还需要另外考虑electric field effect,才能得到正确的LO-TO splitting.
6楼2012-06-26 23:51:13
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future_wl

木虫 (著名写手)

楼主你好,可否请教个问题:
我知道PWSCF 和 ABINIT 都是用DFPT计算声子谱的,这两个软件哪个更好一些,可否从速度和精度上说一下?
非常感谢!
未来就是现在
7楼2012-08-28 20:17:59
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by future_wl at 2012-08-28 20:17:59
楼主你好,可否请教个问题:
我知道PWSCF 和 ABINIT 都是用DFPT计算声子谱的,这两个软件哪个更好一些,可否从速度和精度上说一下?
非常感谢!

直接引用S. Baroni和P. Giannozzi在Handbook of Materials Modeling一书中的原话:

不存在哪个更好这么一说。想想也是,这俩软件都开源免费,如果有一个有明显的劣势,那就根本没必要存在了,又不需要像商场上那样通过一定尺度的必要夸张来赚钱~
包括使用上,虽然看似Abinit更麻烦一点点(需要手动输入q点),但是Abinit可以实现从结构弛豫到声子计算的自动化,而PWscf就要自己写脚本了。
思想重于技巧,内涵重于表象
8楼2012-09-04 17:30:28
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future_wl

木虫 (著名写手)

内容已删除
未来就是现在
9楼2012-09-04 21:51:13
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souledge

专家顾问 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by future_wl at 2012-09-04 21:51:13
恩,收益了,多谢!
另外还要向你请教个问题,你知道VASP如何求IFC吗?而IFC这个值能否代表原子间成键的强弱呢?
非常感谢!...

VASP需要配合其他软件用直接法(冻声子法,超胞法)。
关于IFC是否可以代表原子间成键强弱,可以回归到IFC的定义去看,简单用其表示成键强弱的想法是比较不科学的,因为成键这个东西本身就非常复杂,不是像图片中那样就那么几根棒棒。但是定性的来说明些问题在某些时候也未尝不可,看你怎么用了:
思想重于技巧,内涵重于表象
10楼2012-09-04 21:58:28
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