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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 用phonopy计算声子谱的问题
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hhshimin

新虫 (小有名气)

[求助] 用phonopy计算声子谱的问题

用phonopy和vasp做接口计算声子谱，空间群为I-4m2已用vasp计算了原子受力，但是在画声子谱时当输入命令phonopy  -p后没有生成声子谱图，而是出现了以下信息
Band structure mode
Settings:
  Supercell:  [1 1 1]
Spacegroup:  I-4 m 2 (119)
Traceback (most recent call last):
  File "/home/wulixi/software/phonopy-0.9.1.4/bin/phonopy", line 493, in
    forces = file_IO.parse_FORCES( supercell )
  File "/home/wulixi/software/phonopy-0.9.1.4/lib/python/phonopy/file_IO.py", line 25, in parse_FORCES
    atom_number = int( line[0] )
ValueError: invalid literal for int() with base 10: '-0.0418223000'
我弄不明白是怎么回事了，请教虫友帮帮我，非常感谢
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1楼 2011-06-21 09:52:12
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hedaors

禁虫 (正式写手)

隐清堂主

【答案】应助回帖

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-06-21 10:58:42
hhshimin(金币+5): 首先谢谢你的回复，可以再多说点吗，我是新手，所以还是搞不懂具体应该怎么操作才行 2011-06-23 09:12:00
你仔细检查一下 你生成的 FORCES 文件，应该是有错误～
原因可能是你计算的 vasp 自洽有问题～
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-21 10:28:53
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
请把具体的INCAR/POSCAR/vasprun.xml等贴出来，这样比较好方便判断问题所在
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
3楼2011-06-26 15:03:22
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
uuv2010(金币+1): 多谢交流 2011-06-26 20:14:17
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-06-27 16:03:38
hhshimin(金币+2): 2011-06-27 16:52:11
引用回帖:
Originally posted by hhshimin at 2011-06-21 09:52:12:
用phonopy和vasp做接口计算声子谱，空间群为I-4m2已用vasp计算了原子受力，但是在画声子谱时当输入命令phonopy  -p后没有生成声子谱图，而是出现了以下信息
Band structure mode
Settings:
  Supercell:  [1 ...

先用vasp算啊。。。
再提取vasprun.xm计算力（里面有两种获得力的方法，一种是设置IBRON=8，还有一种是IBRON=-1）
然后再计算声子。。。
需要看下手册。。。
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timeflies..
4楼2011-06-26 15:37:18
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positron

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by enola at 2011-06-26 15:37:18:
先用vasp算啊。。。
再提取vasprun.xm计算力（里面有两种获得力的方法，一种是设置IBRON=8，还有一种是IBRON=-1）
然后再计算声子。。。
需要看下手册。。。

除了IBRON参数外，还有哪些参数要特别设置呢？

还有就是QHA计算的时候，那个v-e.dat的数据是对应的POSCAR（POSCAR-0）的不同的比例系数的V-E值还是经过displacement后的POSCAR（如POSCAR-001）的V-E值呢？
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5楼2011-06-26 17:16:02
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hhshimin

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hedaors at 2011-06-21 10:28:53:
你仔细检查一下 你生成的 FORCES 文件，应该是有错误～
原因可能是你计算的 vasp 自洽有问题～

我的INCAR文件

SYSTEM = Various- local optimisation
PREC = Accurate
ENCUT = 400
EDIFF = 1e-5
IBRION = 1
ISIF =2
NSW = 100
ISMEAR =0
SIGMA = 0.2
POTIM = 0.1
#No writing charge density and wavefunction
LCHARG = FALSE
LWAVE = FALSE
#Target Pressure
#Finer optimization
EDIFFG = 2e-4
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6楼2011-06-27 09:26:47
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hhshimin

新虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by iamikaruk at 2011-06-26 15:03:22:
请把具体的INCAR/POSCAR/vasprun.xml等贴出来，这样比较好方便判断问题所在

我的INCAR文件

SYSTEM = Various- local optimisation
PREC = Accurate
ENCUT = 400
EDIFF = 1e-5
IBRION = 1
ISIF =2
NSW = 100
ISMEAR =0
SIGMA = 0.2
POTIM = 0.1
#No writing charge density and wavefunction
LCHARG = FALSE
LWAVE = FALSE
#Target Pressure
#Finer optimization
EDIFFG = 2e-4
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7楼2011-06-27 09:28:13
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-06-27 10:24:35
你是用vasp自己算force constant还是用vasp算力？
如果是后者的话不用优化
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
8楼2011-06-27 09:55:23
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信任开花

铁杆木虫 (知名作家)
★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加讨论 2011-06-27 10:25:11
引用回帖:
Originally posted by iamikaruk at 2011-06-27 09:55:23:
你是用vasp自己算force constant还是用vasp算力？
如果是后者的话不用优化

用vasp算力的话，那INCAR要如何修改呢？

去掉哪些参数或者添加哪些参数方可？
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从不温柔，从不体贴，从不讲理
9楼2011-06-27 10:13:24
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★ ★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-06-27 10:25:22
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-06-27 16:04:06
引用回帖:
Originally posted by 信任开花 at 2011-06-27 10:13:24:
用vasp算力的话，那INCAR要如何修改呢？

去掉哪些参数或者添加哪些参数方可？

用vasp算力，也就是有POSCAR-00X的情况，只要做SCF就可以了，不用做结构优化，不用移动原子位置
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[img]http://osu.ppy.sh/stat2/iamikaruk-0.png[/img]
10楼2011-06-27 10:14:44
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