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pinwei2014

铜虫 (初入文坛)

[交流] phonopy求助 已有2人参与

我建了一个4 5 6的超胞,算完之后得到了vasprun.xml-001,vasprun.xml-002.vasprun.xml-003
结果用phonopy算力常数的时候出现了如下错误:
lbg@lbg-Precision-T5610:~/PHONOPY/phonopy-1.8.3/work/Au_456$ phonopy -f vasprun.xml-001 vasprun.xml-002 vasprun.xml-003
        _                                    
  _ __ | |__   ___  _ __   ___   _ __  _   _
| '_ \| '_ \ / _ \| '_ \ / _ \ | '_ \| | | |
| |_) | | | | (_) | | | | (_) || |_) | |_| |
| .__/|_| |_|\___/|_| |_|\___(_) .__/ \__, |
|_|                            |_|    |___/

                                     1.8.3

counter (file index):
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/phonopy", line 437, in <module>
    is_zero_point=options.force_sets_zero_mode)
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/phonopy/file_IO.py", line 190, in write_FORCE_SETS_vasp
    etree.iterparse(force_files, tag='varray'))
  File "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/phonopy/interface/vasp.py", line 95, in get_forces_vasprun_xml
    for event, element in vasprun:
  File "iterparse.pxi", line 478, in lxml.etree.iterparse.__next__ (src/lxml/lxml.etree.c:98432)
  File "iterparse.pxi", line 530, in lxml.etree.iterparse._read_more_events (src/lxml/lxml.etree.c:98953)
  File "parser.pxi", line 590, in lxml.etree._raiseParseError (src/lxml/lxml.etree.c:74696)
lxml.etree.XMLSyntaxError: Extra content at the end of the document, line 3687, column 15

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zuocuiping

木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
您好,这个问题,您解决了吗?
谢谢
2楼2016-05-24 17:07:08
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xiaoxuan1111

铁杆木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by zuocuiping at 2016-05-24 17:07:08
您好,这个问题,您解决了吗?
谢谢

这种情况一般是计算各个vasprun.xml时,意外退出没算完导致的,重新算一次应该就可以
你想要什么,如何得到想要的,现在应该怎么做?
3楼2016-05-27 10:16:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zuocuiping

木虫 (职业作家)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是的,已经算出来了!

发自小木虫Android客户端
4楼2016-05-27 10:45:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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