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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » CNEB搜索的结果处理
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钢金术师

金虫 (小有名气)

[求助] CNEB搜索的结果处理 已有1人参与

小虫目前在做NEB搜索，遇到一些问题，请教一下各位虫友：

1.经过CNEB搜索之后，使用VTST的脚本命令nebresults.pl，并没有生成movie.xyz文件，生成的是movie.vasp文件，生成的movie文件用VMD打不开，请问该如何查看动态的过程。
2.在exts.dat文件里生成的可能的极值点，格式是
                                                      Extrema 3 found at image  2.999114 with energy:  0.071851
这个应该说是在第2.9999个images处是个极值点吧，但是这个2.9999个极值点的构型在
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1楼 2014-03-12 18:42:40
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cyyweiqing

银虫 (小有名气)
楼主，你的问题解决了么？  我也遇到相同的问题了，如果你解决了能不能分享一下解决方法？  怎样查看movie.vasp
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2楼2014-06-06 20:08:29
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钢金术师

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by cyyweiqing at 2014-06-06 20:08:29
楼主，你的问题解决了么？  我也遇到相同的问题了，如果你解决了能不能分享一下解决方法？  怎样查看movie.vasp

输入命令之后会在每个文件夹中分别产生一个movie，吧这几个按顺序放到一个movie里面（就是吧一个movie里面的文件都复制，然后依次粘贴到文本中），然后用VMD就可以打开
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3楼2014-06-06 21:38:31
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葵cc_

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

第2点，应该是第3个image处是个极值，2.999是它的坐标。
势垒的最低点最高点都是极值的位置。
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4楼2015-06-03 09:46:06
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葵cc_

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 钢金术师 at 2014-06-06 21:38:31
输入命令之后会在每个文件夹中分别产生一个movie，吧这几个按顺序放到一个movie里面（就是吧一个movie里面的文件都复制，然后依次粘贴到文本中），然后用VMD就可以打开...

你好，输入nebresults.pl命令之后，只会产生一个movie.vasp和movie，几个image的文件夹下面没有产生movie，请问你是输入什么命令产生的？
谢谢~~
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5楼2015-06-03 09:48:06
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钢金术师

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 葵cc_ at 2015-06-03 09:48:06
你好，输入nebresults.pl命令之后，只会产生一个movie.vasp和movie，几个image的文件夹下面没有产生movie，请问你是输入什么命令产生的？
谢谢~~...

这个我也没有产生，但是最后这个问题是改了一个代码，等我回头帮你看一下。
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6楼2015-06-03 10:37:26
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葵cc_

木虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 钢金术师 at 2015-06-03 10:37:26
这个我也没有产生，但是最后这个问题是改了一个代码，等我回头帮你看一下。...

请问改了是什么代码？
谢谢~~
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7楼2015-06-03 16:18:15
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钢金术师

金虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 葵cc_ at 2015-06-03 16:18:15
请问改了是什么代码？
谢谢~~...

不好意思才恢复你，你试一下最新版本的vasptools官网上的脚本
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8楼2015-06-10 11:24:02
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葵cc_

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 钢金术师 at 2015-06-10 11:24:02
不好意思才恢复你，你试一下最新版本的vasptools官网上的脚本...

你是这么做出来的吗？
我用的的vasp版本是5.3的，NEB是http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html 网站上的Version: 3.1, Mar. 28, 2014 (compatible with vasp.5.3.x)版本。
两个月前才编译好的，应该算是最新的版本了吧？
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9楼2015-06-10 15:55:19
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钢金术师

金虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by 葵cc_ at 2015-06-10 15:55:19
你是这么做出来的吗？
我用的的vasp版本是5.3的，NEB是http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/download.html 网站上的Version: 3.1, Mar. 28, 2014 (compatible with vasp.5.3.x)版本。
两个月前才编译好的，应 ...

这个现在在官网上是新的，我用这个做的
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10楼2015-06-11 10:40:09
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