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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】用vasp跑TS的设置，大家看看有什么问题吗？跑了五天了，没结束！着急！
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piaoxue001

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用vasp跑TS的设置，大家看看有什么问题吗？跑了五天了，没结束！着急！

SYSTEM=####
ENCUT=400
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NSW=500
IBRION=1
EDIFFG=-0.02
ALGO=Fast
POTIM=0.015
IMAGES=1
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
PREC=Accurate
只设置了一个image，用8个核跑得，而且设置T T T的就设置了三个原子，本来想着应该很快能跑完，没想到超出我的意料，希望高手指点一下。谢谢.
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1楼 2011-03-23 13:44:08
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bingmou

金虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢回复 2011-03-24 08:06:02
这个TS的计算量的确比较大，你的体系是多大的体系阿？
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2楼2011-03-23 14:12:11
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
你好  我的是pd19，这和固定没有关系吗？
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3楼2011-03-24 08:11:57
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-03-24 17:25:08
piaoxue001(金币+10): 2011-04-23 15:58:52
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2011-03-23 13:44:08:
SYSTEM=####
ENCUT=400
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NSW=500
IBRION=1
EDIFFG=-0.02
ALGO=Fast
POTIM=0.015
IMAGES=1
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
PREC=Accurate ...

试着改动几个参数：
IBRION=3
POTIM=0.1
EDIFFG=-0.05
PREC=Normal

其他的不变，试试看行不行
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5楼2011-03-24 14:20:02
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2011-03-24 14:20:02:
试着改动几个参数：
IBRION=3
POTIM=0.1
EDIFFG=-0.05
PREC=Normal

其他的不变，试试看行不行

非常感谢 我试一下
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6楼2011-03-24 16:26:46
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2011-03-24 14:20:02:
试着改动几个参数：
IBRION=3
POTIM=0.1
EDIFFG=-0.05
PREC=Normal

其他的不变，试试看行不行

你好   请问EDIFFG=-0.05跑出来是不是还得精优化。设置为-0.01呢？
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7楼2011-04-02 08:47:52
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-04-02 11:03:58
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2011-04-02 08:47:52:
你好   请问EDIFFG=-0.05跑出来是不是还得精优化。设置为-0.01呢？

EDIFFG=-0.05发文章足够了，当然如果体系很小，比如十几二十几个原子可以设的更高些，-0.02，-0.03都行，-0.01有点过于苛刻，不用这样。
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8楼2011-04-02 10:23:33
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nll1988

新虫 (小有名气)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-04-02 14:26:30
piaoxue001(金币+2): 2011-04-26 08:16:25
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2011-03-24 14:20:02:
试着改动几个参数：
IBRION=3
POTIM=0.1
EDIFFG=-0.05
PREC=Normal

其他的不变，试试看行不行

我用四个节点8个核跑一个星期以上很正常，前提是结构复杂。IBRION和PREC都不用改，弛豫标准也不是很高，可以把NSW改小点，你算得时间长的原因是体系的问题。最好用accurate。
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9楼2011-04-02 11:29:20
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hakuna

木虫 (知名作家)
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-04-02 14:26:38
piaoxue001(金币+3): 2011-04-26 08:16:33
引用回帖:
Originally posted by nll1988 at 2011-04-02 11:29:20:
我用四个节点8个核跑一个星期以上很正常，前提是结构复杂。IBRION和PREC都不用改，弛豫标准也不是很高，可以把NSW改小点，你算得时间长的原因是体系的问题。最好用accurate。

NSW改小会出问题，有可能使你的过渡态搜索还没收敛.....
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10楼2011-04-02 11:49:55
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lgxyz

铜虫 (正式写手)
★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-11 20:04:36
引用回帖:
Originally posted by nll1988 at 2011-04-02 11:29:20:
我用四个节点8个核跑一个星期以上很正常，前提是结构复杂。IBRION和PREC都不用改，弛豫标准也不是很高，可以把NSW改小点，你算得时间长的原因是体系的问题。最好用accurate。

你说的是用CNEB找过渡态吗 还是一般的结构优化?
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11楼2011-04-02 13:33:05
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nll1988

新虫 (小有名气)
就是一般的结构优化
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12楼2011-04-02 13:55:34
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阿黛拉

银虫 (小有名气)
piaoxue001(金币+1): 2011-04-26 08:17:01
引用回帖:
Originally posted by lgxyz at 2011-04-02 13:33:05:
你说的是用CNEB找过渡态吗 还是一般的结构优化?

请问做TS时能否设置IBRION=2，不能的话为什么？
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13楼2011-04-11 16:31:37
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2011-04-02 08:47:52:
你好   请问EDIFFG=-0.05跑出来是不是还得精优化。设置为-0.01呢？

您好 请问先 粗精度得到TS，然后对过渡态进行和初始物同等水平的经优化，可行吗？？    l另外有一个问题很是困扰我：设置了EDIFFG，Ionic relaxation
   EDIFFG = -.5E-01   stopping-criterion for IOM
   NSW    =    500    number of steps for IOM。而OUTCAR中的TOTAL FORCA原子上的力却在设置的标准之上。 但是最后显示reached required accuracy - stopping structural energy minimisation

另外NSW   106 F= -.83899237E+02 E0= -.83742731E+02  d E =0.108469E-03

POSITION                                       TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
      8.79906     13.59032     12.71903         0.094842      0.039910      0.071295
      9.62675     13.86415     12.73074        -0.108965     -0.008318      0.089108
请问你知道这是什么地方的问题吗？
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14楼2011-04-23 16:07:37
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haowenping

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
piaoxue001(金币+2): 2011-04-26 08:17:21
引用回帖:
Originally posted by piaoxue001 at 2011-03-23 13:44:08:
SYSTEM=####
ENCUT=400
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NSW=500
IBRION=1
EDIFFG=-0.02
ALGO=Fast
POTIM=0.015
IMAGES=1
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
PREC=Accurate ...

我一般都是用总能跑商的，用力没跑过的！跑熵的判据一般是EDIFF=-4就足够了！
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15楼2011-04-25 11:26:58
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liuqun

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1009706楼: Originally posted by piaoxue001 at 2011-03-23 13:44:08:
SYSTEM=####
ENCUT=400
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NSW=500
IBRION=1
EDIFFG=-0.02
ALGO=Fast
POTIM=0.015
IMAGES=1
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
PREC=Accurate ...

你好，我是用6个核跑过渡态，IMAGEN是不是=6就可以呢？还有就是怎么设置输入文件呢，我的IMAGEN=6，就产生了8个文件分别是：00
01 02 03 04 05 06  07，然后在文件夹下加入INCAR POSCAR KPOINTS就可以提交作业了是不是呢？这个问题困扰我一个多星期了，我总是刚交上去作业就掉下来了，郁闷的不行，找不到原因
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16楼2012-04-26 19:06:23
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piaoxue001

木虫 (正式写手)
引用回帖:
1354698楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-26 19:06:23:
你好，我是用6个核跑过渡态，IMAGEN是不是=6就可以呢？还有就是怎么设置输入文件呢，我的IMAGEN=6，就产生了8个文件分别是：00
01 02 03 04 05 06  07，然后在文件夹下加入INCAR POSCAR KPOINTS就可以提交作业了 ...

你说的没有问题，一般我把POSCAR1和POSCAR2都放在文件夹下，不过这个好像不影响。 你的交上就掉下我认为主要是内存的原因，你的体系多少个原子。建议你跑一个点试一下。把错误的原因及OUTCAR输出看一下。一个点跑不起来就是你的文件有问题。
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17楼2012-04-27 08:38:00
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liuqun

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1354741楼: Originally posted by piaoxue001 at 2012-04-27 08:38:00:
你说的没有问题，一般我把POSCAR1和POSCAR2都放在文件夹下，不过这个好像不影响。 你的交上就掉下我认为主要是内存的原因，你的体系多少个原子。建议你跑一个点试一下。把错误的原因及OUTCAR输出看一下。一个点跑 ...

18个原子
running on    6 nodes
each image running on    1 nodes
distr:  one band on    1 nodes,    1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 8, file /scratch/lq/1/01/OUTCAR
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BDA7  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
libc.so.6          0000003761A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/1/05/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown               Unknown  Unknown
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vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/1/03/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BB74  Unknown               Unknown  Unknown
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vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/1/06/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown               Unknown  Unknown
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forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/1/04/stdout
Image              PC                Routine            Line        Source            
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forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/1/02/stdout
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libc.so.6          0000003761A1D994  Unknown               Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown               Unknown  Unknown
rank 4 in job 1  c2_51396   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 4: return code 29
rank 3 in job 1  c2_51396   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 3: return code 29
rank 2 in job 1  c2_51396   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 2: return code 29
rank 0 in job 1  c2_51396   caused collective abort of all ranks
  exit status of rank 0: return code 29
出错信息
没有OUTCAR输出
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18楼2012-04-28 20:39:17
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04nylxb

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-04-29 12:31:05
很正常，NEB本来跑的就慢，再说你就八核，可以看看现在力的情况,。nebef.pl
如果一直在变大，就好停掉了
或者进去01, cat OS..，就可以看看跑到多少步了
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19楼2012-04-29 11:26:17
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k-li4楼
2011-03-24 08:58   回复  
piaoxue001(金币+1): 2011-04-26 08:15:47
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