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piaoxue001

木虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】用vasp跑TS的设置，大家看看有什么问题吗？跑了五天了，没结束！着急！

SYSTEM=####
ENCUT=400
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NSW=500
IBRION=1
EDIFFG=-0.02
ALGO=Fast
POTIM=0.015
IMAGES=1
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
PREC=Accurate
只设置了一个image，用8个核跑得，而且设置T T T的就设置了三个原子，本来想着应该很快能跑完，没想到超出我的意料，希望高手指点一下。谢谢.

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1楼 2011-03-23 13:44:08

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bingmou

金虫 (著名写手)

★
zzy870720z(金币+1): 谢谢回复 2011-03-24 08:06:02

这个TS的计算量的确比较大，你的体系是多大的体系阿？

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2楼2011-03-23 14:12:11

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piaoxue001

木虫 (正式写手)

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你好我的是pd19，这和固定没有关系吗？

3楼2011-03-24 08:11:57

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lgxyz

铜虫 (正式写手)

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★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-03-24 17:25:08
piaoxue001(金币+10): 2011-04-23 15:58:52

引用回帖:

Originally posted by piaoxue001 at 2011-03-23 13:44:08:
SYSTEM=####
ENCUT=400
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NSW=500
IBRION=1
EDIFFG=-0.02
ALGO=Fast
POTIM=0.015
IMAGES=1
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
PREC=Accurate ...

试着改动几个参数：
IBRION=3
POTIM=0.1
EDIFFG=-0.05
PREC=Normal

其他的不变，试试看行不行

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5楼2011-03-24 14:20:02

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piaoxue001

木虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by lgxyz at 2011-03-24 14:20:02:
试着改动几个参数：
IBRION=3
POTIM=0.1
EDIFFG=-0.05
PREC=Normal

其他的不变，试试看行不行

非常感谢我试一下

6楼2011-03-24 16:26:46

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piaoxue001

木虫 (正式写手)

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引用回帖:

Originally posted by lgxyz at 2011-03-24 14:20:02:
试着改动几个参数：
IBRION=3
POTIM=0.1
EDIFFG=-0.05
PREC=Normal

其他的不变，试试看行不行

你好请问EDIFFG=-0.05跑出来是不是还得精优化。设置为-0.01呢？

7楼2011-04-02 08:47:52

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lgxyz

铜虫 (正式写手)

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★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-04-02 11:03:58

引用回帖:

Originally posted by piaoxue001 at 2011-04-02 08:47:52:
你好请问EDIFFG=-0.05跑出来是不是还得精优化。设置为-0.01呢？

EDIFFG=-0.05发文章足够了，当然如果体系很小，比如十几二十几个原子可以设的更高些，-0.02，-0.03都行，-0.01有点过于苛刻，不用这样。

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8楼2011-04-02 10:23:33

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nll1988

新虫 (小有名气)

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★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指点 2011-04-02 14:26:30
piaoxue001(金币+2): 2011-04-26 08:16:25

引用回帖:

Originally posted by lgxyz at 2011-03-24 14:20:02:
试着改动几个参数：
IBRION=3
POTIM=0.1
EDIFFG=-0.05
PREC=Normal

其他的不变，试试看行不行

我用四个节点8个核跑一个星期以上很正常，前提是结构复杂。IBRION和PREC都不用改，弛豫标准也不是很高，可以把NSW改小点，你算得时间长的原因是体系的问题。最好用accurate。

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9楼2011-04-02 11:29:20

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hakuna

木虫 (知名作家)

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★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示 2011-04-02 14:26:38
piaoxue001(金币+3): 2011-04-26 08:16:33

引用回帖:

Originally posted by nll1988 at 2011-04-02 11:29:20:
我用四个节点8个核跑一个星期以上很正常，前提是结构复杂。IBRION和PREC都不用改，弛豫标准也不是很高，可以把NSW改小点，你算得时间长的原因是体系的问题。最好用accurate。

NSW改小会出问题，有可能使你的过渡态搜索还没收敛.....

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10楼2011-04-02 11:49:55

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lgxyz

铜虫 (正式写手)

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★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-11 20:04:36

引用回帖:

Originally posted by nll1988 at 2011-04-02 11:29:20:
我用四个节点8个核跑一个星期以上很正常，前提是结构复杂。IBRION和PREC都不用改，弛豫标准也不是很高，可以把NSW改小点，你算得时间长的原因是体系的问题。最好用accurate。

你说的是用CNEB找过渡态吗还是一般的结构优化?

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11楼2011-04-02 13:33:05

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nll1988

新虫 (小有名气)

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虫号: 1232362

就是一般的结构优化

12楼2011-04-02 13:55:34

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阿黛拉

银虫 (小有名气)

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piaoxue001(金币+1): 2011-04-26 08:17:01

引用回帖:

Originally posted by lgxyz at 2011-04-02 13:33:05:
你说的是用CNEB找过渡态吗还是一般的结构优化?

请问做TS时能否设置IBRION=2，不能的话为什么？

13楼2011-04-11 16:31:37

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piaoxue001

木虫 (正式写手)

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虫号: 850191

引用回帖:

Originally posted by piaoxue001 at 2011-04-02 08:47:52:
你好请问EDIFFG=-0.05跑出来是不是还得精优化。设置为-0.01呢？

您好请问先粗精度得到TS，然后对过渡态进行和初始物同等水平的经优化，可行吗？？ l另外有一个问题很是困扰我：设置了EDIFFG，Ionic relaxation
EDIFFG = -.5E-01 stopping-criterion for IOM
NSW = 500 number of steps for IOM。而OUTCAR中的TOTAL FORCA原子上的力却在设置的标准之上。但是最后显示reached required accuracy - stopping structural energy minimisation

另外NSW 106 F= -.83899237E+02 E0= -.83742731E+02  d E =0.108469E-03

POSITION                                     TOTAL-FORCE (eV/Angst)
-----------------------------------------------------------------------------------
   8.79906    13.59032    12.71903       0.094842    0.039910    0.071295
   9.62675    13.86415    12.73074       -0.108965    -0.008318    0.089108
请问你知道这是什么地方的问题吗？

14楼2011-04-23 16:07:37

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haowenping

木虫 (著名写手)

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★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
piaoxue001(金币+2): 2011-04-26 08:17:21

引用回帖:

Originally posted by piaoxue001 at 2011-03-23 13:44:08:
SYSTEM=####
ENCUT=400
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NSW=500
IBRION=1
EDIFFG=-0.02
ALGO=Fast
POTIM=0.015
IMAGES=1
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
PREC=Accurate ...

我一般都是用总能跑商的，用力没跑过的！跑熵的判据一般是EDIFF=-4就足够了！

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15楼2011-04-25 11:26:58

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liuqun

木虫 (小有名气)

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虫号: 784404

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

1009706楼: Originally posted by piaoxue001 at 2011-03-23 13:44:08:
SYSTEM=####
ENCUT=400
ISTART=0
ICHARG=2
ISMEAR=0
SIGMA=0.1
NSW=500
IBRION=1
EDIFFG=-0.02
ALGO=Fast
POTIM=0.015
IMAGES=1
SPRING=-5
LCLIMB=.TRUE
LWAVE=FALSE
LCHARG=FALSE
PREC=Accurate ...

你好，我是用6个核跑过渡态，IMAGEN是不是=6就可以呢？还有就是怎么设置输入文件呢，我的IMAGEN=6，就产生了8个文件分别是：00
01 02 03 04 05 06 07，然后在文件夹下加入INCAR POSCAR KPOINTS就可以提交作业了是不是呢？这个问题困扰我一个多星期了，我总是刚交上去作业就掉下来了，郁闷的不行，找不到原因

16楼2012-04-26 19:06:23

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piaoxue001

木虫 (正式写手)

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虫号: 850191

引用回帖:

1354698楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-26 19:06:23:
你好，我是用6个核跑过渡态，IMAGEN是不是=6就可以呢？还有就是怎么设置输入文件呢，我的IMAGEN=6，就产生了8个文件分别是：00
01 02 03 04 05 06 07，然后在文件夹下加入INCAR POSCAR KPOINTS就可以提交作业了 ...

你说的没有问题，一般我把POSCAR1和POSCAR2都放在文件夹下，不过这个好像不影响。你的交上就掉下我认为主要是内存的原因，你的体系多少个原子。建议你跑一个点试一下。把错误的原因及OUTCAR输出看一下。一个点跑不起来就是你的文件有问题。

17楼2012-04-27 08:38:00

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liuqun

木虫 (小有名气)

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虫号: 784404

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖

引用回帖:

1354741楼: Originally posted by piaoxue001 at 2012-04-27 08:38:00:
你说的没有问题，一般我把POSCAR1和POSCAR2都放在文件夹下，不过这个好像不影响。你的交上就掉下我认为主要是内存的原因，你的体系多少个原子。建议你跑一个点试一下。把错误的原因及OUTCAR输出看一下。一个点跑 ...

18个原子
running on 6 nodes
each image running on 1 nodes
distr:  one band on 1 nodes, 1 groups
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
vasp.5.2.2 15Apr09 complex
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 8, file /scratch/lq/1/01/OUTCAR
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000118424F  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BDA7  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040BAAC  Unknown             Unknown  Unknown
libc.so.6       0000003761A1D994  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000040B9B9  Unknown             Unknown  Unknown
forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/1/05/stdout
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000121B665  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  00000000011D46B9  Unknown             Unknown  Unknown
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vasp52-ff-im-go-v  0000000000461673  Unknown             Unknown  Unknown
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forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/1/03/stdout
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp52-ff-im-go-v  000000000121CB5D  Unknown             Unknown  Unknown
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Image             PC             Routine          Line       Source
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forrtl: severe (29): file not found, unit 6, file /scratch/lq/1/04/stdout
Image             PC             Routine          Line       Source
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vasp52-ff-im-go-v  0000000001183A82  Unknown             Unknown  Unknown
vasp52-ff-im-go-v  000000000119487D  Unknown             Unknown  Unknown
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18楼2012-04-28 20:39:17

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04nylxb

木虫 (正式写手)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
fzx2008: 金币+2, 谢谢指教 2012-04-29 12:31:05

很正常，NEB本来跑的就慢，再说你就八核，可以看看现在力的情况,。nebef.pl
如果一直在变大，就好停掉了
或者进去01, cat OS..，就可以看看跑到多少步了

19楼2012-04-29 11:26:17

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k-li4楼

2011-03-24 08:58 回复

piaoxue001(金币+1): 2011-04-26 08:15:47

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