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WJ-MS

新虫 (小有名气)

[求助] VMD可视化键

我的体系是一堆原子，计算的时候是没有键的，但是我想看看体系配位情况，就另外添加了键（自定义的，假设AB原子之间的距离小于一个值，就存在一个键），现在关于原子和键的描述写在了一个文件里面，但是这个VMD打不开，后来摸索了一下，加了几句头文件，
ITEM: TIMESTEP
2000
ITEM: NUMBER OF ATOMS
90
ITEM: NUMBER OF BONDS
130
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
0 24.21
0 24.21
0 24.21
可以显示出原子，但是我定义的键还是不能显示出来，哪位高人能不能指点一下，怎么做才能把这些键也自定义出来？
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加油！
1楼 2014-03-12 13:51:39
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egogg

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2014-03-12 19:26:37
用VMD打开原始文件，做以下操作：

（1）按照原子方式显示，无键。
（2）Graphics -> Representations -> Create Representation
将新建Rep的Drawing Method改为Dynamic Bonds，然后设置你需要的键长域值。
显示效果请在参数表里面自行摸索。

附：如果只想在指定类型的原子之间添加键长。可以将该Rep的Selections改为
type H O C N ....。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2014-03-12 16:29:36
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WJ-MS

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by egogg at 2014-03-12 16:29:36
用VMD打开原始文件，做以下操作：

（1）按照原子方式显示，无键。
（2）Graphics -> Representations -> Create Representation
将新建Rep的Drawing Method改为Dynamic Bonds，然后设置你需要的键长域值 ...

多谢回复~~~
但是我想要A,B两种原子之间的键，A-A和B-B之间的不要，这个该怎么操作啊
赞一下 回复此楼
加油！
3楼2014-03-12 18:45:54
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egogg

木虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-14 08:15:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by WJ-MS at 2014-03-12 18:45:54
多谢回复~~~
但是我想要A,B两种原子之间的键，A-A和B-B之间的不要，这个该怎么操作啊...

这个没有简单易行的方案。如果是我，我可能会用VMD脚本来完成相应的操作：
选出所有原子A，选出所有原子B，测量A、B之间的距离列表，满足要求的加键。
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4楼2014-03-12 22:56:40
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