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WJ-MS

新虫 (小有名气)

[求助] VMD可视化键

我的体系是一堆原子,计算的时候是没有键的,但是我想看看体系配位情况,就另外添加了键(自定义的,假设AB原子之间的距离小于一个值,就存在一个键),现在关于原子和键的描述写在了一个文件里面,但是这个VMD打不开,后来摸索了一下,加了几句头文件,
ITEM: TIMESTEP
2000
ITEM: NUMBER OF ATOMS
90
ITEM: NUMBER OF BONDS
130
ITEM: BOX BOUNDS pp pp pp
0 24.21
0 24.21
0 24.21
可以显示出原子,但是我定义的键还是不能显示出来,哪位高人能不能指点一下,怎么做才能把这些键也自定义出来?
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加油!
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egogg

木虫 (小有名气)

★ ★ ★
月只蓝: 金币+3, 感谢指导! 2014-03-12 19:26:37
用VMD打开原始文件,做以下操作:

(1)按照原子方式显示,无键。
(2)Graphics -> Representations -> Create Representation
将新建Rep的Drawing Method改为Dynamic Bonds,然后设置你需要的键长域值。
显示效果请在参数表里面自行摸索。

附:如果只想在指定类型的原子之间添加键长。可以将该Rep的Selections改为
type H O C N ....。
2楼2014-03-12 16:29:36
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WJ-MS

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by egogg at 2014-03-12 16:29:36
用VMD打开原始文件,做以下操作:

(1)按照原子方式显示,无键。
(2)Graphics -> Representations -> Create Representation
将新建Rep的Drawing Method改为Dynamic Bonds,然后设置你需要的键长域值 ...

多谢回复~~~
但是我想要A,B两种原子之间的键,A-A和B-B之间的不要,这个该怎么操作啊
加油!
3楼2014-03-12 18:45:54
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egogg

木虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-14 08:15:14
引用回帖:
3楼: Originally posted by WJ-MS at 2014-03-12 18:45:54
多谢回复~~~
但是我想要A,B两种原子之间的键,A-A和B-B之间的不要,这个该怎么操作啊...

这个没有简单易行的方案。如果是我,我可能会用VMD脚本来完成相应的操作:
选出所有原子A,选出所有原子B,测量A、B之间的距离列表,满足要求的加键。
4楼2014-03-12 22:56:40
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