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ranger2911

木虫 (小有名气)


[交流] 利用VASP进行收敛性测试,循环计算中途停止问题

本人刚刚开始接触VASP,想测试FCC Ni的截断能,但是提交任务后程序总是中途停止,想请各位大侠帮忙看看问题出在哪里。下面是相关的输入文件:
1、POSCAR
FCC Ni
1.0
3.5299999714         0.0000000000         0.0000000000
0.0000000000         3.5299999714         0.0000000000
0.0000000000         0.0000000000         3.5299999714
4
Direct
0.000000000         0.000000000         0.000000000
0.000000000         0.500000000         0.500000000
0.500000000         0.000000000         0.500000000
0.500000000         0.500000000         0.000000000

2、KPOINTS (由于是先测试ENCUT,所以KPOINTS设定了一个相对较大的值)
Automatic
0
Monkhorst-Pack
25 25 25
0 0 0

3、POTCAR
POTCAR是根据User's Guide第10章中给出的推荐值

4、INCAR
这里的INCAR文件使用PBS脚本文件代替
#PBS -l nodes=2:ppn=8      

NPROC=`wc -l $PBS_NODEFILE|cut -f1 -d" "`

cd $PBS_O_WORKDIR
for a in 250 300 350 400 450 500 550 600 650 700 750 800
do
rm -f WAVECAR
cat >INCAR<<!
SYSTEM = FCC Ni
ISTART = 0; ICHARG = 2
ENCUT = $a
PREC = Accurate
ISMEAR = -5
NSW = 0; IBRION = -1
ISPIN = 2
!
echo a=$a
/public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel/bin/mpirun -mca btl openib,self -np $NPROC /public/software/vasp/vasp-openmpi-ifort
E=`tail -1 OSZICAR`
echo $a $E>>result
done

现在的问题是提交任务之后程序会运行一段时间,但是过一会就停止了,并没有跑完所有设定的循环值,WAVECAR为0K,并给出下面的提示:
a=300
running on   16 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   16 groups
vasp.4.6.28 25Jul05 complex
POSCAR found :  1 types and    4 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...           1
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
16 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)

另一个输出文件给出这样的信息
=>> PBS: job killed: walltime 3641 exceeded limit 3600
mpirun: killing job...

--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 20528 on node node13 exited on signal 0 (Unknown signal 0).
--------------------------------------------------------------------------
mpirun: clean termination accomplished

我在这里纠结一天多了,连个截断能都没算出来,还请各位大侠帮忙找找问题啊~
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emilyoyang

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
ranger2911: 金币+5, 多谢你的回答,确实是这么回事啊~ 2014-03-03 18:00:43
在PBS作业提交脚本里面的#PBS -l nodes=2:ppn=8  下面添加下面一行试试
#PBS -l walltime=240:00:00
2楼2014-03-02 23:45:32
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yuenanshuyao

新虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-02 23:45:32
在PBS作业提交脚本里面的#PBS -l nodes=2:ppn=8  下面添加下面一行试试
#PBS -l walltime=240:00:00

请问为什么要加这行,能解释下吗
3楼2016-05-10 13:50:15
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emilyoyang

木虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yuenanshuyao at 2016-05-10 13:50:15
请问为什么要加这行,能解释下吗...


the default setting of walltime is too short for your testing.
This line says you set the walltime 240hrs.(10days, may be somewhat longer, but it does work)
4楼2016-05-11 06:46:08
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