应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 利用VASP进行收敛性测试，循环计算中途停止问题
41/1返回列表
查看: 2772  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

ranger2911

木虫 (小有名气)

[交流] 利用VASP进行收敛性测试，循环计算中途停止问题

本人刚刚开始接触VASP，想测试FCC Ni的截断能，但是提交任务后程序总是中途停止，想请各位大侠帮忙看看问题出在哪里。下面是相关的输入文件：
1、POSCAR
FCC Ni
1.0
3.5299999714         0.0000000000         0.0000000000
0.0000000000         3.5299999714         0.0000000000
0.0000000000         0.0000000000         3.5299999714
4
Direct
0.000000000         0.000000000         0.000000000
0.000000000         0.500000000         0.500000000
0.500000000         0.000000000         0.500000000
0.500000000         0.500000000         0.000000000

2、KPOINTS （由于是先测试ENCUT，所以KPOINTS设定了一个相对较大的值）
Automatic
0
Monkhorst-Pack
25 25 25
0 0 0

3、POTCAR
POTCAR是根据User's Guide第10章中给出的推荐值

4、INCAR
这里的INCAR文件使用PBS脚本文件代替
#PBS -l nodes=2:ppn=8      

NPROC=`wc -l $PBS_NODEFILE|cut -f1 -d" "`

cd $PBS_O_WORKDIR
for a in 250 300 350 400 450 500 550 600 650 700 750 800
do
rm -f WAVECAR
cat >INCAR<<!
SYSTEM = FCC Ni
ISTART = 0; ICHARG = 2
ENCUT = $a
PREC = Accurate
ISMEAR = -5
NSW = 0; IBRION = -1
ISPIN = 2
!
echo a=$a
/public/software/mpi/openmpi1.3.4-intel/bin/mpirun -mca btl openib,self -np $NPROC /public/software/vasp/vasp-openmpi-ifort
E=`tail -1 OSZICAR`
echo $a $E>>result
done

现在的问题是提交任务之后程序会运行一段时间，但是过一会就停止了，并没有跑完所有设定的循环值，WAVECAR为0K，并给出下面的提示：
a=300
running on   16 nodes
distr:  one band on    1 nodes,   16 groups
vasp.4.6.28 25Jul05 complex
POSCAR found :  1 types and    4 ions
LDA part: xc-table for Pade appr. of Perdew
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
FFT: planning ...           1
reading WAVECAR
entering main loop
       N       E                     dE             d eps       ncg     rms          rms(c)
16 total processes killed (some possibly by mpirun during cleanup)

另一个输出文件给出这样的信息
=>> PBS: job killed: walltime 3641 exceeded limit 3600
mpirun: killing job...

--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 0 with PID 20528 on node node13 exited on signal 0 (Unknown signal 0).
--------------------------------------------------------------------------
mpirun: clean termination accomplished

我在这里纠结一天多了，连个截断能都没算出来，还请各位大侠帮忙找找问题啊~
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2014-03-02 19:59:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
ranger2911: 金币+5, 多谢你的回答，确实是这么回事啊~ 2014-03-03 18:00:43
在PBS作业提交脚本里面的#PBS -l nodes=2:ppn=8  下面添加下面一行试试
#PBS -l walltime=240:00:00
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2014-03-02 23:45:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuenanshuyao

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2014-03-02 23:45:32
在PBS作业提交脚本里面的#PBS -l nodes=2:ppn=8  下面添加下面一行试试
#PBS -l walltime=240:00:00

请问为什么要加这行，能解释下吗
赞一下 回复此楼
3楼2016-05-10 13:50:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by yuenanshuyao at 2016-05-10 13:50:15
请问为什么要加这行，能解释下吗...


the default setting of walltime is too short for your testing.
This line says you set the walltime 240hrs.(10days, may be somewhat longer, but it does work)
赞一下 回复此楼
4楼2016-05-11 06:46:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 ranger2911 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭