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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » gromacs 处理小分子配体，其电荷怎么处理？
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)

[求助] gromacs 处理小分子配体，其电荷怎么处理？ 已有1人参与

我用gromacs 做分子动力学，用http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg/run.html  这个网址算出的小分子配体top文件的电荷是错误的。
所以又用了高斯计算，但是高斯中是包含配体小分子的非极性氢的，但是此网站计算的电荷不包括，（高斯计算的小分子配体的非极性氢的电荷如何处理？）请问这个问题，怎么解决？？
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1楼 2014-02-26 18:04:58
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_蝶飞

铜虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 值得讨论。 2014-03-01 10:41:12
换个分子
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2楼2014-02-27 10:25:13
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by _蝶飞 at 2014-02-27 10:25:13
换个分子

这不行
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3楼2014-02-27 15:14:08
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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-01 10:41:17
zhuimeng08: 金币+5, ★有帮助 2014-03-01 16:37:30
zhuimeng08: 金币+5 2014-03-01 16:38:11
简单点的，可以用amber的ANTECHAMBER模块生成电荷。
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4楼2014-02-28 21:34:41
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)
请问楼主你的问题解决了吗？
我也遇到这个问题。
谢谢！
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5楼2014-03-12 11:00:09
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背包旅客

新虫 (初入文坛)
修改电荷！把用高斯算的电荷结果放到用PRODRG生成的itp文件中。
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6楼2015-01-28 17:09:18
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水儿CoCo

木虫 (小有名气)
楼主你是怎么解决的呢？
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7楼2015-05-23 10:58:29
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kangsgo

新虫 (初入文坛)
同问楼主最后解决办法
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8楼2015-11-13 00:34:11
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jianjunjiang

铁杆木虫 (正式写手)
我也遇到这个问题，请问您解决了这个问题吗？期待您的答复
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9楼2016-10-24 13:01:14
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