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zhuimeng08

银虫 (正式写手)

[求助] gromacs 处理小分子配体,其电荷怎么处理? 已有1人参与

我用gromacs 做分子动力学,用http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg/run.html  这个网址算出的小分子配体top文件的电荷是错误的。
所以又用了高斯计算,但是高斯中是包含配体小分子的非极性氢的,但是此网站计算的电荷不包括,(高斯计算的小分子配体的非极性氢的电荷如何处理?)请问这个问题,怎么解决??
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zhuimeng08

银虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by _蝶飞 at 2014-02-27 10:25:13
换个分子

这不行
3楼2014-02-27 15:14:08
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查看全部 9 个回答

QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-01 10:41:17
zhuimeng08: 金币+5, 有帮助 2014-03-01 16:37:30
zhuimeng08: 金币+5 2014-03-01 16:38:11
简单点的,可以用amber的ANTECHAMBER模块生成电荷。
4楼2014-02-28 21:34:41
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xueer小雯

金虫 (初入文坛)

请问楼主你的问题解决了吗?
我也遇到这个问题。
谢谢!
5楼2014-03-12 11:00:09
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背包旅客

新虫 (初入文坛)

修改电荷!把用高斯算的电荷结果放到用PRODRG生成的itp文件中。
6楼2015-01-28 17:09:18
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