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zhuimeng08

银虫 (正式写手)

[求助] gromacs 处理小分子配体,其电荷怎么处理? 已有1人参与

我用gromacs 做分子动力学,用http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg/run.html  这个网址算出的小分子配体top文件的电荷是错误的。
所以又用了高斯计算,但是高斯中是包含配体小分子的非极性氢的,但是此网站计算的电荷不包括,(高斯计算的小分子配体的非极性氢的电荷如何处理?)请问这个问题,怎么解决??
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kangsgo

新虫 (初入文坛)

同问楼主最后解决办法
8楼2015-11-13 00:34:11
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