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xueer小雯金虫 (初入文坛)
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求助：Gromacs平衡时蛋白跑出盒子了，怎么办？ 已有2人参与
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图片3是进行md之前的蛋白与盒子状态，即npt结束后。 图片2是md 20ns后的状态，蛋白几乎全都出去了，盒子中的是小分子。 md.mdp 如下，请高人帮我看看怎么回事，我之前从来没遇到过这样的问题。。。 title = Protein-ligand complex NVT equilibration ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 10000000 ; 2 * 10000000 = 20000 ps (20 ns) dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstxout = 1000 ; suppress .trr output nstvout = 1000 ; suppress .trr output nstenergy = 1000 ; save energies every 2 ps nstlog = 1000 ; update log file every 2 ps nstxtcout = 1000 ; write .xtc trajectory every 2 ps energygrps = Protein NAD ; Bond parameters continuation = yes ; first dynamics run constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 5 ; 10 fs rlist = 0.9 ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb = 0.9 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.4 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein_NAD Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 298 298 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling pcoupl = Parrinello-Rahman ; pressure coupling is on for NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel = no ; assign velocities from Maxwell distribution 多谢啊！  2.PNG  3.PNG |
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wangyan10
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