| 查看: 3719 | 回复: 7 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
xueer小雯金虫 (初入文坛)
|
[求助]
求助：Gromacs平衡时蛋白跑出盒子了，怎么办？ 已有2人参与
|
|
|
图片3是进行md之前的蛋白与盒子状态，即npt结束后。 图片2是md 20ns后的状态，蛋白几乎全都出去了，盒子中的是小分子。 md.mdp 如下，请高人帮我看看怎么回事，我之前从来没遇到过这样的问题。。。 title = Protein-ligand complex NVT equilibration ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 10000000 ; 2 * 10000000 = 20000 ps (20 ns) dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstxout = 1000 ; suppress .trr output nstvout = 1000 ; suppress .trr output nstenergy = 1000 ; save energies every 2 ps nstlog = 1000 ; update log file every 2 ps nstxtcout = 1000 ; write .xtc trajectory every 2 ps energygrps = Protein NAD ; Bond parameters continuation = yes ; first dynamics run constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 5 ; 10 fs rlist = 0.9 ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb = 0.9 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.4 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein_NAD Water_and_ions ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 298 298 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling pcoupl = Parrinello-Rahman ; pressure coupling is on for NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel = no ; assign velocities from Maxwell distribution 多谢啊！  2.PNG  3.PNG |
回复此楼» 猜你喜欢
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有5人回复
-
药学求调剂
已经有13人回复
-
求调剂推荐
已经有4人回复
-
290调剂生物0860
已经有40人回复
-
085400电子信息类（川大控制工程）求调剂可跨专业 求老师联系
已经有6人回复
-
材料工程281还有调剂机会吗
已经有42人回复
-
273求调剂
已经有6人回复
-
药学305求调剂
已经有6人回复
-
求调剂学校
已经有12人回复
-
山东省基金2026
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 跑完Gromacs的动力学模拟之后的轨迹文件.trr里面没有内容，为什么？
已经有4人回复
- gromacs安装出错求助
已经有4人回复
- 【求助】这是我安装gromacs过程，但是出错阿，这个怎么办呢？谢谢
已经有11人回复
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
4楼2014-03-03 15:58:53
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8228.5
- 散金: 117
- 红花: 4
- 帖子: 372
- 在线: 255.5小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2014-02-26 16:53:55
xueer小雯
金虫 (初入文坛)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2240.9
- 红花: 1
- 帖子: 36
- 在线: 359.1小时
- 虫号: 2318904
- 注册: 2013-03-05
- 专业: 药物设计与药物信息
3楼2014-02-26 19:24:49
5楼2014-03-03 17:18:55
