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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

[求助] 某种生物特有的基因叫什么?已有2人参与

只有该种生物有的一段核酸序列叫什么?我要接侧环境中某种细菌的存在,要直接从环境样品中提取,所以,能代表该细菌的核酸片段叫什么?
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Hliotrope

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-02-24 12:12:04
16S DNA吧,细菌最保守的序列,菌种鉴定都用这段序列。
Someone
3楼2014-02-24 09:16:54
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烟大考研党

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+3, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-02-24 12:11:54
应该叫做靶核酸分子 。
 1. DNA的碱基组成(G+C mol%)
  DNA碱基因组成是各种生物一个稳定的特征,即使个别基因突变,碱基组成也不会发生明显变化。分类学上,用G+C占全部碱基的克分子百分数(G+Cmol%) 来表示各类生物的DNA碱基因组成特征。
  1)每个生物种都有特定的GC%范围,因此后者可以作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25--75%,变化范围最大,因此更适合于细菌的分类鉴定。
  2)GC%测定主要用于对表型特征难区分的细菌作出鉴定,并可检验表型特征分类的合理性,从分子水平上判断物种的亲缘关系。
  3)使用原则:G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定;每一种生物都有一定的碱基组成,亲缘关系近的生物,它们应该具有相似的G+C含量,若不同生物之间G+C含量差别大表明它们关系远。但具有相似G+C含量的生物并不一定表明它们之间具有近的亲缘关系。
  在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的分类单位时,G+C含量是一项重要的,必不可少的鉴定指标。其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特征和把那些G+C含量差别大的种类排除出某一分类单元。G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定。
  2.核酸的分子杂交法(Hybridization of nucleic acids)
  生物的遗传信息以碱基排列顺序(遗传密码)形成线性地排列在DNA分子中,不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映这些生物之间亲缘关系的远近,碱基排列顺序差异越小,它们之间的亲缘关系就越近,反之亦然。由于目前尚难以普遍地直接分析比较DNA的碱基排列顺序,所以,分类学上目前主要采用较为间接的比较方法--核酸分子杂交(hybridization),来比较不同微生物DNA碱基排列顺序的相似性进行微生物的分类。核酸分子杂交在微生物分类鉴定中的应用包括:DNA-DNA杂交、DNA-rRNA杂交以及根据核酸杂交特异性原理制备核酸探针。
   (1)DNA-DNA杂交
   DNA-DAN杂交的基本原理:对双链结构的DNA分子进行加热处理时,互补结合的双链可以离解成单链,即DNA变性;若将变性了的DNA分子进行冷却处理时,已离解的单链又可以重新结合成原来的双链DNA分子,这一过程叫DNA的复性。不仅同一菌株的DNA单链可以复性结合成双链,自不同菌株的DNA单链,只要二者具有同源互补的碱基序列,它们也会在同源序列之间互补结合形成双链,这就称之为DNA-DNA分子杂交。
   自60年代将DNA-DAN杂交技术应用于细菌分类以来,已经对大量的微生物菌株进行过研究, 它对于许多有争议的种的界定和建立新种起了重要作用。许多资料表明:DNA-DNA杂交同源性在60%以上的菌株可以认为是同一个种;同源性超过70%为同一亚种;同源性在20~60%是同属不同种的关系。
(2)DNA-rRNA杂交
   研究表明:当两个菌株DNA的非配对碱基超过10~20%时,DNA-DNA杂交往往不能形成双链, 因而限制了DNA-DNA杂交主要应用于种水平上的分类。为了进一步比较亲缘关系更远的菌株之间的关系,需要用rRNA与DNA进行杂交。正如前面介绍过的,rRNA是DNA转录的产物,在生物进化过程中,其碱基序列的变化比基因组要慢得多,保守得多,它甚至保留了古老祖先的一些碱基序列。因此,当两个菌株的DNA-DNA杂交率很低或不能杂交时,用DNA-rRNA杂交仍可能出现较高的杂交率,因而可以用来进一步比较关系更远的菌株之间的关系,进行属和属以上等级分类单元的分类。DNA-DNA杂交和DNA-rRNA杂交的原理和方法基本相同,只是在技术细节上有些差异,如DNA-rRNA杂交中,用同位素标记的是rRNA而不是DNA等等。
   (3)核酸探针
   通过核酸杂交来检测特定核苷酸序列的核酸探针技术,是近10多年才发展起来的,现在已越来越广泛地用于微生物鉴定、传染病诊断、流行病调查、食品卫生微生物检测以及分子生物学许多领域(为克隆的筛选、基因表达检测等)。所谓核酸探针(probe)是指能识别特异核苷酸序列的、带标记的一段单链DNA或RNA分子。换句话说,它是能与被检测的特定核苷酸序列(靶序列)互补结合,而不与其他序列结合的带标记的单链核苷酸片断。因此,一种核苷酸片断能否作为探针用于微生物鉴定,最根本的条件是它的特异性,即它能与所检测的微生物的核酸杂交而不能与其他微生物的核酸杂交。因此,根据特异性的不同,在微生物鉴定与检测中的作用也不同,有的探针只用于某一菌型的检测,有的可能用于某一种、属、科甚至更大类 群范围的微生物的检测或鉴定。例如,从一株淋病奈瑟氏菌(Neisseria gonorrhoeae)隐蔽性质粒制备的DNA探针,它具有种的特异性,可用来检测和鉴定这种引起人类性行为传播疾病的细菌。

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2楼2014-02-24 00:02:49
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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by Hliotrope at 2014-02-24 09:16:54
16S DNA吧,细菌最保守的序列,菌种鉴定都用这段序列。

那如果我只定量检测环境中某一种细菌的含量,该怎么筛选出只有这中细菌 具有的保守序列呢?如果体16s的话,用什么引物?
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4楼2014-02-25 10:35:56
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贤愚Libra

银虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by 烟大考研党 at 2014-02-24 00:02:49
应该叫做靶核酸分子 。
 1. DNA的碱基组成(G+C mol%)
  DNA碱基因组成是各种生物一个稳定的特征,即使个别基因突变,碱基组成也不会发生明显变化。分类学上,用G+C占全部碱基的克分子百分数(G+Cmol%) 来表示各 ...

嗯。
那像我这样要定量检测环境中某一种细菌的含量,我该如何找到其靶核苷酸序列呢?或者你有相关材料推荐一下吧,谢啦。
www------sr-------------
5楼2014-02-25 10:37:56
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