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xixi_pds7

银虫 (小有名气)

[交流] Gibson assembly 的一点疑问 已有3人参与

哪位做过Gibson assembly的,请来解答我的一点疑问,gibson assembly是链接两条线型片段的,那么质粒怎么做成线型,而且在需要的地方断开?gibson说是不用任何内切酶,不需要任何酶切位点,那么怎么做到在需要的位置断开的?看protocol上只是说, generate the segments by PCR,可是怎么得到?
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xixi_pds7

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 547star at 2014-01-31 00:57:30
根据质粒序列设计两条引物进行PCR扩增得到线型双链DNA。

就是不用酶切点了?可以这样理解么,就是说,PCR的时候会产生很多片段,只有含有overlap同源臂的那一段才可以扩增?
3楼2014-01-31 08:36:30
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547star

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
gyesang: 金币+1, 鼓励回帖交流! 2014-01-31 12:56:28
根据质粒序列设计两条引物进行PCR扩增得到线型双链DNA。
为什么
2楼2014-01-31 00:57:30
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547star

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by xixi_pds7 at 2014-01-31 08:36:30
就是不用酶切点了?可以这样理解么,就是说,PCR的时候会产生很多片段,只有含有overlap同源臂的那一段才可以扩增?...

可以不用酶切位点,不用可能更好扩增。如果质粒都扩增出来很多带,可以通过优化或者胶回收来解决。扩增出来的片段两端是重组的overlap区。一般质粒可以用同一对引物,需要考虑overlap的是插入片段的引物。从你的帖子的消息看,个人建议你先做虚拟克隆,弄清楚了,再来设计引物进行PCR和Gibson Assembly。
为什么
4楼2014-01-31 09:41:42
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xixi_pds7

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 547star at 2014-01-31 09:41:42
可以不用酶切位点,不用可能更好扩增。如果质粒都扩增出来很多带,可以通过优化或者胶回收来解决。扩增出来的片段两端是重组的overlap区。一般质粒可以用同一对引物,需要考虑overlap的是插入片段的引物。从你的帖 ...

我的问题是前段,因为Gibson Assembly 是两条线性链的链接,我只是有点疑惑,怎么保证自己的质粒在需要的地方断开呢
5楼2014-01-31 10:03:55
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