| 查看: 4191 | 回复: 9 | |||||||||
| 【奖励】 本帖被评价6次，作者sobereva增加金币 4.8 个 | |||||||||
[资源]
谈谈谐振频率校正因子 已有2人参与
|
|||||||||
|
谈谈谐振频率校正因子 通常理论计算的频率是谐振频率，由于忽视了非谐振效应，而且理论方法本身也有误差，所以直接基于它计算基频、零点能、焓、熵都可能有较大误差。而将频率校正因子（后文简称校正因子）乘在理论计算出的谐振频率上，基频以及热力学校正量就变得较为准确了，往往能减小2、3倍误差。例如一般杂化泛函算出的基频误差能到100多cm-1，而校正后一般只有几十cm-1的误差。由于忽略了非谐振效应会高估频率，因此基频的校正因子一般都小于1.0。 校正因子分为多种，通常有 (1)用于获得准确基频的校正因子。通常对于所有频率都是相同的校正值，但有些人为了校正得更准确，把频率划分成不同范围（比如高频和低频范围），分别给出不同的校正因子 (2)用于获得准确谐振频率的校正因子。注意谐振频率不是实验可观测的而只是个概念，但可以通过一定手段将实验数据转化得到 (3)用于获得准确的ZPE的校正因子 (4)用于获得准确的焓变ΔH=H(T)-H(0)的校正因子。注：H(0)=U(0)=电子能量+ZPE (5)用于获得准确的熵的校正因子 这5种校正因子各不相同，不要随意混用。不过(1)/(3)以及(2)/(3)的数值对各种情况倒是基本总是固定的，分别为0.974和1.014。对HF或DFT，(4)和(5)的数值比较接近，混用也无妨。ΔH和熵的数值是依赖于计算时设定的温度的，其校正因子也因此受温度影响。 由于谐振子模型下ZPE是频率的线性函数，即ZPE=∑hν/2，所以第(3)类校正因子乘到原始频率上还是乘到基于原始频率算出的ZPE上效果都一样。但是对于(4)和(5)类校正因子，要分别乘到原始频率上再算ΔH和熵，而切不要用原始频率算完了之后再对所得的ΔH和S乘上校正因子。 还有一点要说明，由于ZPE=∑hν/2，表面上看仿佛只要对振动频率ν乘上校正因子成为准确基频后ZPE就应该准确了，因此(1)和(2)类校正因子仿佛应当是相同的，这是误解！因为这种ZPE的计算公式是对于谐振模型而言的，既然校正成了实际的非谐振频率，那么当然ZPE也得按照非谐振子来算才行。严格的非谐振的ZPE必须直接做非谐振计算才能得到。ZPE的校正因子则实际上是先乘到谐振频率上将之转化成一种特殊频率，然后再按照ZPE=∑hν/2来算的时候，得到的结果就能正好和实际的ZPE很接近。 校正因子一般都是用先人拟合好的，通过向相应类型实验数据拟合来得到。用于拟合的分子少则几种，多则上百种。常用的校正因子可以在这些地方得到： 1 http://comp.chem.umn.edu/freqscale/version3b2.htm。这是Truhlar组拟合的一大堆校正因子，相当全面，包括前述的(1)、(2)、(3)类校正因子。不过很遗憾的是没有给出ΔH和熵的校正因子。 2 http://cccbdb.nist.gov/vibscalejust.asp。这是Computational Chemistry Comparison and Benchmark DataBase(CCCBDB)数据库中的一页，给出的是基频的校正因子。 3 J. Phys. Chem., 100, 16502-16513 (1996)中的表10。给出的是前述(1)、(3)、(4)、(5)类校正因子，列举的计算级别较少。注意表10的ΔH和S的校正因子是298.15K下的，其它温度下的见文中图2。 虽然这三种来源拟合校正因子过程所用的测试集和方法有异，但对于同种级别，结果是接近的，因此它们是有可比性的。还有一些校正因子零零碎碎地在一些文献中报道，用得较少，可靠性难说。 对于HF和各种GGA泛函，基频的校正因子分别接近0.9和1.0。这即是说GGA泛函由于理论方法误差和非谐振效应抵消，不做校正算出来的基频也挺准确。而HF由于显著高估力常数，所以算出来的频率太高，算出来的3000cm-1实际上只有约2700cm-1而已。杂化泛函的基频校正因子则介于0.9~1.0之间，而且往往HF成分越高数值越小。 注意振动频率和热力学校正量的计算绝对不是用的理论级别越高越好。CCSD(T)/cc-pVTZ可能还不如B3LYP/6-31G*算出来的频率准确，因为误差既来自于理论方法给出的力常数的误差，也来自于忽略了非谐振效应的误差。在某些低水平下，可能恰好这两部分抵消得好，导致结果不错，GGA泛函算的基频几乎不需要校正就是这个原因。而如果盲目地用很高的计算级别，虽然基本消除了理论方法本身的误差，但非谐振效应缺乏较好的抵消，那么所得的基频以及热力学校正量很可能比很烂的级别算出来的还糟。另外还有关键的一点，就是在使用了校正因子后，不同方法间的差距会很大程度上拉平，原本差的方法在校正后结果可能很好。这正是为什么热力学组合方法G3，虽然目标是QCISD(T)的精度，却采用HF/6-31G*（经过校正因子校正）这样表面看上去如此烂的级别来算ZPE。所以说，用很高级别的方法去做振动分析是⑨的行为，何况计算二阶导数还那么费时，纯属白耽误功夫。半经验方法也有对应的校正因子，但是即便是经过校正后，误差还是较大，大于从头算方法很多，所以除非迫不得已不宜用半经验方法算频率。基于分子力场也可以算频率和热力学校正量，如果分子力场选得合适，那么结果可能很不错，且不需要做校正，例如MMFF94和MM3对于典型有机分子基频平均误差在60cm-1左右。 通常来说，使用B3LYP/6-31G*结合校正因子就能得到很好的计算结果，计算量小，而且比起其它多数方法经过校正后的结果更好。虽然Truhlar的文章表明VSXC经过校正后更准确一点，但毕竟是相对小众向泛函，寡人不推荐。BMC-CCSD经过校正后特别准确，但毕竟比较贵，除非是要做高精度计算否则就不推荐了。 各类校正因子对于所用基组都不敏感（除非是和很小的基组相比），所以如果你用的基组没有对应的校正因子，可以直接用此方法在相近的基组下的校正因子。对于同一种方法，无论是校正前还是校正后，都不代表越大的基组下结果越准确，而通常是差不多（除非基组烂到3-21G这种层次），因此根本没必要用双zeta以上的基组、带弥散函数做振动分析。 要提醒的是，振动分析所用的级别和优化几何结构的级别必须严格一致，而得到的热力学校正量是可以加到其它更高水平方法算的电子能量上的。比如说，要算一个体系某温度下的气相下的自由能，那么可以用很好的方法诸如PWPB95/def2-QZVP去优化气相结构并获得电子能量E，然后再用B3LYP/6-31G*去优化体系然后在考虑校正因子的情况下做振动分析，得到ZPE、ΔH和熵。最后体系的自由能G=E+ZPE+ΔH-T*S。 虽然校正后的B3LYP/6-31G*是通常推荐的做振动分析的级别，但是有些体系，可能在B3LYP/6-31G*下面优化的结果很糟，诸如弱相互作用显著的情况，进而可能由此导致算出的频率和热力学校正量都很差，尽管已经经过校正。此时就应该选择更合适的方法做振动分析以及对应的优化，例如可以用M06-2X、wB97XD。一个有点麻烦的问题是诸如M06-2X、wB97XD这样的较新的泛函缺乏ΔH和熵的校正因子，不过从JPC,100,16502的数据来看，杂化泛函的这两类校正因子都比较接近于1.0，所以不做校正也没什么问题。或者根据已有的DFT的校正因子去猜也成，例如Truhlar给出的wB97XD/ma-TZVP和JPC,100,16502给出的B3P86/6-31G*的基频和ZPE校正因子都差不多，因此可以假设wB97XD/ma-TZVP的ΔH和熵的校正因子也与之相仿佛，可以挪来使用。 注意校正因子并非总能很好解决振动问题，尽管通常可以。用校正因子后只是整体统计结果变好了，并不代表对每种体系都能很好处理，比如很多级别下对于氟分子的振动频率算得都不咋样。并且对于非谐振效应很强、很低频率的情况，用了校正因子后结果肯定也还是不好，只能直接去做非谐振计算才行。 下面简单说一下在Gaussian中使用校正因子的方式。在freq任务过程中使用scale=X就代表校正因子为X，例如 #P HF/6-31G* freq scale=0.9135 temperature=323 注意输出信息中只是在计算热力学校正量的时候对所用频率乘上了校正因子，而输出的频率还是原始的频率！所以要想得到校正后的频率，得自己手动把频率乘上校正因子。Gaussian显然是不会自动用校正因子的，即默认scale=1.0。 如果已经做过一次频率计算并且保存了chk文件，想查看另一个校正因子下的热力学数据，最好的方法是用Gaussian自带的freqchk工具，它会从chk文件中读取储存的Hessian矩阵并作分析。启动它之后，输入chk文件路径，然后依次输入 N //不输出Hyperchem文件 323 //温度。如果输入0则为默认的298.15K 1 //压力。如果输入0则为默认的1atm 0.8905 //校正因子 [回车] [回车] 然后立刻就看到了原始频率以及等同于scale=0.8905 temperature=323时freq任务给出的热力学数据，和Gaussian自身输出的一样。 利用freqchk，就可以反复利用不同校正因子得到较准确的ZPE、ΔH和熵，并获得自由能G=H-T*S，过程在下面说一下。以下是freq任务会输出的四个量，为了省事用字母表示，使用不同校正因子时它们都会有变化。 Zero-point correction= A Thermal correction to Energy= B Thermal correction to Enthalpy= C 注意这一项不是ΔH，而是ZPE+ΔH Thermal correction to Gibbs Free Energy= D 首先，在ZPE校正因子下得到ZPE（即A）。然后在熵校正因子下得到-T*S（即D-C）。之后在ΔH校正因子下得到ΔH（即C-A）。最终将这三个量加在一起，再加上高精度方法算的电子能量E，就得到了自由能G=E+ZPE+ΔH-T*S。 在作IR或Raman光谱图时，要先把频率乘上校正因子后再做图。手动一一去改Gaussian输出文件里的频率值显然太费事了。Multiwfn(http://multiwfn.codeplex.com)的绘制光谱图的功能可以方便地设定校正因子。启动Multiwfn后，载入g03或g09的freq任务的输出文件，选11进入光谱绘制功能，选IR或Raman，之后选0就可以显示光谱图。如果选14 Multiply the vibrational frequencies by a factor，就可以令不同编号范围的频率乘以指定的校正因子，重新作图后就能看到效果了。用户因此不仅可以对所有频率乘上统一的校正因子，还可以根据一些文章的思想，对于不同范围的频率乘上不同的校正因子以得到更准确结果。 最后顺带一提的是，除了对频率进行校正，还有人提出了直接对力常数进行校正的方法，不过这样的方法涉及到太多参数，难搞，所以没流行起来。对于NMR、UV/Vis等其它谱的计算也有人提出过不同级别下的各种校正方法，不过都远没有像频率校正因子这样被广泛使用。 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 量化软件学习 | 量化学习 | SOB 集锦 | Gaussian |
| 气态分子化学动力学 | raman | 计算 |
» 猜你喜欢
齐鲁工业大学 国家重点实验室-新能源、锂离子电池、材料、化学方向
已经有0人回复
-
杰青/长江团队招收调剂
已经有0人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有149人回复
-
中南林业科技大学罗勇锋教授团队2026年招收材料类调剂研究生（第二批）
已经有5人回复
-
电子科技大学材料学院王翀教授拟招收工程博士一名（化学、材料方向）
已经有4人回复
-
湖南农业大学能源材料创新团队招收2026化学专业研究生（学硕）调剂
已经有8人回复
-
奥尔堡Xinxin Xiao课题组招收一名岗位制博士（酶基生物电化学）
已经有0人回复
-
招调剂
已经有0人回复
-
26年电池方向博士申请
已经有2人回复
-
运动康复求调剂
已经有0人回复
-
中原工学院现有材料科学与工程和纳米科学与工程学术型、材料工程研究生调剂名额
已经有0人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 杂质的校正因子是咋回事啊？
已经有11人回复
- 校正因子和原研不一致，怎么办
已经有16人回复
- 校正因子的影响因素
已经有5人回复
- HPLC有关物质方法学验证校正因子问题
已经有19人回复
- 气相色谱内标法测校正因子，内标物的选取有什么要求？校正因子可能会小于1吗？
已经有5人回复
- 外标法和相对校正因子加自身对照法对比计算杂质含量结果偏差比较大-已解决
已经有12人回复
- 待测组分对于内标物的相对质量校正因子
已经有3人回复
- 谁了解新药报批中用校正因子方法测定有关物质
已经有11人回复
- DMM 的FID校正因子？
已经有4人回复
- 菜鸟求助色谱标准曲线与校正因子的关系
已经有6人回复
- 【求助】GC测气体校正因子
已经有9人回复
- 【求助】用色谱校正因子求转化率的公式
已经有15人回复
- 【求助】求询B3LYP/6-311++G(3df,3pd)的校正因子
已经有6人回复
- 【求助】新人，请教怎样做零点能校正？
已经有17人回复
- 【讨论】光谱还可以校正？
已经有8人回复
2楼2014-01-19 13:50:58
3楼2014-01-19 14:15:26
5楼2014-01-19 22:45:08
6楼2014-01-20 08:33:09
7楼2014-03-23 01:03:39
8楼2014-07-31 21:39:43
10楼2015-12-14 19:17:55
简单回复
安德4楼
2014-01-19 21:29
回复
五星好评 
幸福男人9楼
2015-07-02 17:39
回复
五星好评
