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meimei23

金虫 (著名写手)

[求助] 蔗糖致死双交换筛选 已有3人参与

求助各位大神:我做棒杆菌的基因敲除,有6个基因都卡双交换子筛选这一步了,就是在单交换验证成功之后,挑菌进行蔗糖致死双交换,在蔗糖平板长出单菌落,验证时用我的敲除臂引物检测的时候能检测到目的基因缺失(只能扩到我的同源臂),但用设计的目的基因(待敲除的基因)内部引物去扩,又能扩到片段,很是郁闷!
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从事分子生物学的研究
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meimei23

金虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 朱多龙 at 2014-01-19 21:13:02
还有就是你的同源臂的长短问题,是否过长,导致非特异位点重组,敲除的是别的基因。

我的同源上下臂各设置了500bp左右,求教这个长度会不会出现非特异性重组?
从事分子生物学的研究
7楼2014-01-20 00:01:11
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zhouzejun202

金虫 (小有名气)

基因不是单拷贝。
2楼2014-01-19 20:26:59
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朱多龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
meimei23: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-01-20 00:02:12
kx444555: 金币+2, 鼓励交流 2014-01-20 08:33:02
你所谓的只能检测到你的同源臂,不知你是怎么设计验证引物的。验证引物最直接的就是在你将要敲出的基因两端设计一对引物,用敲除菌及原始菌基因组做PCR,如果敲除了必然会比原始菌株扩增出来的短,这是最直接的证据。即使基因多拷贝了,也会出现与原始菌一样的条带,同时会有变短的条带。基因内部引物的验证只能用来自己检测用,在自己的paper中根本没有说服力的。请认真重复一下你的实验,还有敲除菌是否被原始菌或回复突变菌污染了。
3楼2014-01-19 21:05:25
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朱多龙

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
meimei23: 金币+5, 有帮助 2014-01-20 00:02:01
kx444555: 金币+1, 鼓励交流 2014-01-20 08:33:13
还有就是你的同源臂的长短问题,是否过长,导致非特异位点重组,敲除的是别的基因。
4楼2014-01-19 21:13:02
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