应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？
211/3返回列表123下一页
查看: 1490  |  回复: 20
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

annalolo

[交流] 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？

请问您
      分子动力学模拟时，如何用fortran语言格式编写生成文件，在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？不胜感激。

[ Last edited by zzgyb on 2008-1-12 at 16:31 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2008-01-11 21:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annalolo

没人回复？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？
赞一下 回复此楼
2楼2008-01-14 10:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
本帖仅楼主可见
赞一下
3楼2008-02-17 02:00:56
已阅   申请QC强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 谢谢耐心回复
你fortran的程序要输出一个xyz的文件，见附件中是hydrogen的MD trajectory。

VMD自己是没有菜单选项来显示simulation box

可以通过Tcl 脚本实现，见附件（适用于cubic box)。

使用时在Tcl console中source 这个脚本即可。

（这个方法比较笨，应该有更简便的方法，熟悉VMD的同志请跟帖～）

使用是输入draw_cubic [Your box length]
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-02-23 19:01:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annalolo

谢谢回复
能不能回复的具体些，毕竟初次接触，谢谢大家
赞一下 回复此楼
5楼2008-03-21 19:56:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annalolo

我是说Fortran语言中怎样编写Format格式以生成crd和pdb格式文件？？？？？？？？？？？？？？？？？？？
赞一下 回复此楼
6楼2008-03-21 19:58:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢指点
PDB 对格式是有要求的，我具体不是很清楚，你得自己去研究下了(google)。 xyz 格式是 free-format的，不是更好吗？

编程的问题参考IFORT的技术手册吧。
赞一下(10人) 回复此楼
7楼2008-03-22 03:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huiyuli

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
先把0时刻的PDB格式放到VMD里，在load *.xtc文件
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-03-22 09:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdh912

金虫 (正式写手)
那位朋友能共享一下你自己编的Fortran程序，谢谢
赞一下 回复此楼
9楼2008-03-22 17:43:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annalolo

引用回帖:
Originally posted by hdh912 at 2008-3-22 17:43:
那位朋友能共享一下你自己编的Fortran程序，谢谢

我也是这么认为，哪怕即使一段跟本问题对应的程序，不胜感激
赞一下 回复此楼
10楼2008-03-22 17:49:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 annalolo 的主题更新
211/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料334求调剂 +21 Eecho# 2026-04-03 21/1050 2026-04-08 22:55 by 猪会飞
[考研] 生物学学硕，初试351分，求调剂 +4 …～、王…～ 2026-04-08 5/250 2026-04-08 21:49 by limeifeng
[考研] 301求调剂 +10 细胞相关蛋白 2026-04-03 10/500 2026-04-08 10:36 by tjzhao
[考研] 287求调剂 +10 Fnhc 2026-04-07 16/800 2026-04-08 10:07 by xingguangj
[考研] 080100力学316求调剂 +3 L_Hairui 2026-04-07 3/150 2026-04-07 23:26 by JourneyLucky
[考研] 338求调剂 +5 小猪红色 678 2026-04-06 6/300 2026-04-07 21:18 by 乔哒哒哒
[考研] 一志愿南科大生物学297分，求调剂推荐 +8 Y-yyusx 2026-04-06 9/450 2026-04-07 19:38 by biomichael
[考研] 生物学363调剂求助 +7 fanzhang6666 2026-04-06 9/450 2026-04-07 17:37 by lijunpoly
[考研] 复试调剂 +9 春日来信- 2026-04-03 9/450 2026-04-07 15:17 by 尽舜尧1
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-02 14/700 2026-04-07 12:52 by Sammy2
[考研] 319分085702安全工程求调剂 +6 rious 2026-04-05 6/300 2026-04-07 09:42 by jp9609
[考研] 085100建筑学 寻求跨专业调剂 一志愿南大294分 校级省级国家级奖项若干 踏实肯干 +3 1021075758 2026-04-06 4/200 2026-04-07 09:23 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿武汉理工大学080200机械工程308分，求调剂 +4 终不似从前 2026-04-05 4/200 2026-04-06 11:46 by 考研学校招点人
[考研] 一志愿青科085500，初试295分，公共课213分 +3 遇到的人愿望都� 2026-04-05 3/150 2026-04-05 18:45 by 蓝云思雨
[考研] 081200-11408-276学硕求调剂 +4 崔wj 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:06 by imissbao
[考研] 328分调剂 +6 门men 2026-04-04 6/300 2026-04-05 13:40 by imissbao
[考研] 271分求调剂学校 +12 zph158488！ 2026-04-02 13/650 2026-04-05 10:13 by lqwchd
[考研] 调剂 +11 JLLLLLLLLLL 2026-04-03 11/550 2026-04-04 22:21 by hemengdong
[考研] 一志愿南农090401，268，求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 311求调剂 +11 勇敢的小吴 2026-04-02 11/550 2026-04-03 21:46 by qlm5820
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭