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annalolo

[交流] 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像?

请问您
      分子动力学模拟时,如何用fortran语言格式编写生成文件,在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像?不胜感激。

[ Last edited by zzgyb on 2008-1-12 at 16:31 ]
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annalolo

没人回复????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
2楼2008-01-14 10:39:51
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匿名

用户注销 (小有名气)



zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与,欢迎继续关注计算模拟版!
本帖仅楼主可见
3楼2008-02-17 02:00:56
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znet0201

金虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 谢谢耐心回复
你fortran的程序要输出一个xyz的文件,见附件中是hydrogen的MD trajectory。

VMD自己是没有菜单选项来显示simulation box

可以通过Tcl 脚本实现,见附件(适用于cubic box)。

使用时在Tcl console中source 这个脚本即可。

(这个方法比较笨,应该有更简便的方法,熟悉VMD的同志请跟帖~)

使用是输入draw_cubic [Your box length]
4楼2008-02-23 19:01:40
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annalolo

谢谢回复
能不能回复的具体些,毕竟初次接触,谢谢大家
5楼2008-03-21 19:56:04
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annalolo

我是说Fortran语言中怎样编写Format格式以生成crd和pdb格式文件???????????????????
6楼2008-03-21 19:58:01
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znet0201

金虫 (正式写手)

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢指点
PDB 对格式是有要求的,我具体不是很清楚,你得自己去研究下了(google)。 xyz 格式是 free-format的,不是更好吗?

编程的问题参考IFORT的技术手册吧。
7楼2008-03-22 03:18:21
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huiyuli

金虫 (小有名气)


lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
先把0时刻的PDB格式放到VMD里,在load *.xtc文件
8楼2008-03-22 09:38:44
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hdh912

金虫 (正式写手)

那位朋友能共享一下你自己编的Fortran程序,谢谢
9楼2008-03-22 17:43:51
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annalolo

引用回帖:
Originally posted by hdh912 at 2008-3-22 17:43:
那位朋友能共享一下你自己编的Fortran程序,谢谢

我也是这么认为,哪怕即使一段跟本问题对应的程序,不胜感激
10楼2008-03-22 17:49:03
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