应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？
211/3返回列表123下一页
查看: 1498  |  回复: 20
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

annalolo

[交流] 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？

请问您
      分子动力学模拟时，如何用fortran语言格式编写生成文件，在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？不胜感激。

[ Last edited by zzgyb on 2008-1-12 at 16:31 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2008-01-11 21:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annalolo

没人回复？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？
赞一下 回复此楼
2楼2008-01-14 10:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
本帖仅楼主可见
赞一下
3楼2008-02-17 02:00:56
已阅   申请QC强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 谢谢耐心回复
你fortran的程序要输出一个xyz的文件，见附件中是hydrogen的MD trajectory。

VMD自己是没有菜单选项来显示simulation box

可以通过Tcl 脚本实现，见附件（适用于cubic box)。

使用时在Tcl console中source 这个脚本即可。

（这个方法比较笨，应该有更简便的方法，熟悉VMD的同志请跟帖～）

使用是输入draw_cubic [Your box length]
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-02-23 19:01:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annalolo

谢谢回复
能不能回复的具体些，毕竟初次接触，谢谢大家
赞一下 回复此楼
5楼2008-03-21 19:56:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annalolo

我是说Fortran语言中怎样编写Format格式以生成crd和pdb格式文件？？？？？？？？？？？？？？？？？？？
赞一下 回复此楼
6楼2008-03-21 19:58:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢指点
PDB 对格式是有要求的，我具体不是很清楚，你得自己去研究下了(google)。 xyz 格式是 free-format的，不是更好吗？

编程的问题参考IFORT的技术手册吧。
赞一下(10人) 回复此楼
7楼2008-03-22 03:18:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huiyuli

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
先把0时刻的PDB格式放到VMD里，在load *.xtc文件
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-03-22 09:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hdh912

金虫 (正式写手)
那位朋友能共享一下你自己编的Fortran程序，谢谢
赞一下 回复此楼
9楼2008-03-22 17:43:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

annalolo

引用回帖:
Originally posted by hdh912 at 2008-3-22 17:43:
那位朋友能共享一下你自己编的Fortran程序，谢谢

我也是这么认为，哪怕即使一段跟本问题对应的程序，不胜感激
赞一下 回复此楼
10楼2008-03-22 17:49:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 annalolo 的主题更新
211/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂 +5 archer.. 2026-04-09 7/350 2026-04-09 22:18 by lbsjt
[考研] 0854调剂 +10 长弓傲 2026-04-09 11/550 2026-04-09 19:03 by 探123
[考研] 一志愿中科院105500专业总分315求调剂 +6 lallalh 2026-04-09 7/350 2026-04-09 17:51 by lallalh
[考研] 083200 初试305分 求调剂 暂不考虑跨专业 +15 Claireyyyy 2026-04-09 15/750 2026-04-09 16:11 by zhuimr
[考研] 化学调剂求助 +14 LULONG1 2026-04-03 19/950 2026-04-09 10:43 by chenxi233
[考研] 085404，334分，求调剂 +5 sunjie8888 2026-04-08 8/400 2026-04-09 07:26 by sunjie8888
[考研] 机械专硕273请求调剂 +6 庚申壬申 2026-04-07 6/300 2026-04-08 22:41 by bljnqdcc
[考研] 一志愿211，化学学硕，310分，本科重点双非，求调剂 +15 努力奋斗112 2026-04-06 17/850 2026-04-08 22:27 by 凯凯要变帅
[考研] 一志愿211，0703化学305分求调剂 +20 严西西戏 2026-04-06 26/1300 2026-04-08 22:12 by 凯凯要变帅
[考研] 277求调剂 +4 考研调剂lxh 2026-04-06 6/300 2026-04-08 10:40 by 逆水乘风
[考研] 336材料与化工085600求调剂 +19 水星记infp 2026-04-05 22/1100 2026-04-07 21:11 by yongzhesheng
[考研] 334分机械专硕求调剂 +3 蛋花紫菜汤 2026-04-03 3/150 2026-04-07 14:49 by 逍遥cocoa
[考研] 287分求调剂 有专利国奖一志愿哈工大085406 +6 白易辰 2026-04-06 7/350 2026-04-06 22:46 by 875465
[硕博家园] 0856材料化工求调剂，一志愿211，初试成绩349 +4 江淮北月 2026-04-05 4/200 2026-04-06 22:44 by chenzhimin
[考研] 26自然地理学303分求调剂 +4 一战成硕啊啊啊� 2026-04-06 9/450 2026-04-06 20:35 by lin-da
[考研] 0817化学工程与技术求调剂，一志愿中海洋319 +14 lv945 2026-04-04 14/700 2026-04-06 10:20 by 蓝云思雨
[考研] 302分 085601求调剂推荐 +11 zyx上岸！ 2026-04-05 11/550 2026-04-05 22:13 by dongzh2009
[考研] 一志愿南农090401，268，求调剂 +5 一木鸟然 2026-04-04 5/250 2026-04-04 17:07 by babysonlkd
[考研] 求调剂 +3 农业工程与信息� 2026-04-04 3/150 2026-04-04 12:19 by 舍而后得
[考研] 一志愿重庆大学085404，总分314分，求调剂 +4 zf83hn 2026-04-03 4/200 2026-04-03 21:25 by 啵啵啵0119
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭