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[交流] 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？

请问您
分子动力学模拟时，如何用fortran语言格式编写生成文件，在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？不胜感激。

[ Last edited by zzgyb on 2008-1-12 at 16:31 ]

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1楼 2008-01-11 21:45:09

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annalolo

应助: (幼儿园)
在线:
虫号: 458030

没人回复？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？

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2楼2008-01-14 10:39:51

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匿名

用户注销 (小有名气)

应助: 3 (幼儿园)
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在线: 94小时
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注册: 2007-06-21
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！

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3楼2008-02-17 02:00:56

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znet0201

金虫 (正式写手)

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虫号: 82025
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专业: 原子和分子物理

★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵谢谢耐心回复

你fortran的程序要输出一个xyz的文件，见附件中是hydrogen的MD trajectory。

VMD自己是没有菜单选项来显示simulation box

可以通过Tcl 脚本实现，见附件（适用于cubic box)。

使用时在Tcl console中source 这个脚本即可。

（这个方法比较笨，应该有更简便的方法，熟悉VMD的同志请跟帖～）

使用是输入draw_cubic [Your box length]

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4楼2008-02-23 19:01:40

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