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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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annalolo

[交流] 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？

请问您
      分子动力学模拟时，如何用fortran语言格式编写生成文件，在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？不胜感激。

[ Last edited by zzgyb on 2008-1-12 at 16:31 ]
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1楼 2008-01-11 21:45:09
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annalolo

没人回复？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？
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2楼2008-01-14 10:39:51
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匿名

用户注销 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
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3楼2008-02-17 02:00:56
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znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 谢谢耐心回复
你fortran的程序要输出一个xyz的文件，见附件中是hydrogen的MD trajectory。

VMD自己是没有菜单选项来显示simulation box

可以通过Tcl 脚本实现，见附件（适用于cubic box)。

使用时在Tcl console中source 这个脚本即可。

（这个方法比较笨，应该有更简便的方法，熟悉VMD的同志请跟帖～）

使用是输入draw_cubic [Your box length]
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4楼2008-02-23 19:01:40
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annalolo

谢谢回复
能不能回复的具体些，毕竟初次接触，谢谢大家
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5楼2008-03-21 19:56:04
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annalolo

我是说Fortran语言中怎样编写Format格式以生成crd和pdb格式文件？？？？？？？？？？？？？？？？？？？
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6楼2008-03-21 19:58:01
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znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):多谢指点
PDB 对格式是有要求的，我具体不是很清楚，你得自己去研究下了(google)。 xyz 格式是 free-format的，不是更好吗？

编程的问题参考IFORT的技术手册吧。
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7楼2008-03-22 03:18:21
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huiyuli

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
先把0时刻的PDB格式放到VMD里，在load *.xtc文件
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8楼2008-03-22 09:38:44
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hdh912

金虫 (正式写手)
那位朋友能共享一下你自己编的Fortran程序，谢谢
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9楼2008-03-22 17:43:51
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annalolo

引用回帖:
Originally posted by hdh912 at 2008-3-22 17:43:
那位朋友能共享一下你自己编的Fortran程序，谢谢

我也是这么认为，哪怕即使一段跟本问题对应的程序，不胜感激
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10楼2008-03-22 17:49:03
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