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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？
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annalolo

znet0201
你好，xyz格式的也行，能发一段Fortran给我么，谢谢
huiyuli
“先把0时刻的PDB格式放到VMD里，在load *.xtc文件 ”能具体些么？谢谢
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11楼2008-03-22 17:52:36
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znet0201

金虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢建言
科研人员，当分析清楚了问题后，就要自立更生啦～

另外这个东西我自己也没有现成的。
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12楼2008-03-22 19:19:58
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annalolo

（1）问题的关键在于如何才能得到这样格式的文件即Fortran语言的Format
（2）VMD的使用说明文件我有，可看了看根本解决不了文件的生成问题
要求自己编程，初学者，困难重重，至少入门就难，我的内心感觉，绝不瞎说
我的邮箱zhaolongjiang@bit.edu.cn,谢谢
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13楼2008-03-23 15:25:23
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znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
lei0736(金币+3,VIP+0):呵呵 还是出手了 够简洁的代码
在你仔细观察过轨迹xy文件的格式后，“参考”以下代码。

编程的问题我不再讨论。  所有的人开始都很难，但是网络上有那么多中英文在线教程，学就是了。

  OPEN(8, FILE='TRAJEC.xyz', ACESS='append')
   WRITE(8,*) NAT
        WRITE(8,*) 'STEP:', NFI
        DO I=1,NAT
          WRITE(8,'(A2,3(2X,F12.6))')
     &         EL(I),(COR(K,I),K=1,3)
        ENDDO
   CLOSE(8)

==============================

NAT = 'total number of atoms"
NFI = 'current step'
EL = 'name of atom'
COR = 'coordinates of atom'
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14楼2008-03-23 21:33:14
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honghuzlj

木虫 (著名写手)
非常感谢你 znet0201, 一直关注且帮助我，你都在那看到学到的这些呢。呵呵，真的羡慕。能推荐几本中英文在线教程么？
                                                                          ——annalolo(honghuzlj)
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15楼2008-03-23 22:34:27
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hdh912

金虫 (正式写手)
lei0736(金币+0,VIP+0):搜索本坛即有结果
请问下VMD软件到底是个什么样的软件？全称是什么？在那里可以下载呢？谢谢。
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16楼2008-03-24 08:36:34
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znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢
http://micro.ustc.edu.cn/Fortran/ZJDing/

http://www.cs.mtu.edu/~shene/COURSES/cs201/NOTES/fortran.html
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17楼2008-03-24 18:40:08
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honghuzlj

木虫 (著名写手)
znet0201,you are great! thanks again.
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18楼2008-03-24 21:07:53
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honghuzlj

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by c00jsw00 at 2008-2-17 02:00:
你好,
你可以將軌跡檔存成PDB 格式 就可以使用VMD 分析軌跡
^^

你好，能不能再具体些？
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19楼2008-04-14 09:42:38
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honghuzlj

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by annalolo at 2008-3-22 17:52:
znet0201
你好，xyz格式的也行，能发一段Fortran给我么，谢谢
huiyuli
“先把0时刻的PDB格式放到VMD里，在load *.xtc文件 ”能具体些么？谢谢

能发到我的邮箱么？谢谢你们，zhaolongjiang@bit.edu.cn
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20楼2008-04-14 09:43:34
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