应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？
51/1返回列表
查看: 1407  |  回复: 20
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

annalolo

[交流] 【求助】如何在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？

请问您
      分子动力学模拟时，如何用fortran语言格式编写生成文件，在VMD软件能够看到BOX的结构和模拟的过程图像？不胜感激。

[ Last edited by zzgyb on 2008-1-12 at 16:31 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2008-01-11 21:45:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huiyuli

金虫 (小有名气)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
先把0时刻的PDB格式放到VMD里，在load *.xtc文件
赞一下(10人) 回复此楼
8楼2008-03-22 09:38:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 21 个回答

annalolo

没人回复？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？？
赞一下 回复此楼
2楼2008-01-14 10:39:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

匿名

用户注销 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎继续关注计算模拟版！
本帖仅楼主可见
赞一下
3楼2008-02-17 02:00:56
已阅   申请QC强帖   回复此楼   编辑   查看我的主页

znet0201

金虫 (正式写手)
★ ★
lei0736(金币+2,VIP+0):呵呵 谢谢耐心回复
你fortran的程序要输出一个xyz的文件，见附件中是hydrogen的MD trajectory。

VMD自己是没有菜单选项来显示simulation box

可以通过Tcl 脚本实现，见附件（适用于cubic box)。

使用时在Tcl console中source 这个脚本即可。

（这个方法比较笨，应该有更简便的方法，熟悉VMD的同志请跟帖～）

使用是输入draw_cubic [Your box length]
赞一下(10人) 回复此楼
4楼2008-02-23 19:01:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 21 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭