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dhg1986110

新虫 (小有名气)

[求助] gaussian 无法计算大分子 已有5人参与

最近我用gaussian计算大的分子, 结果报错,信息如下是不是log.file太大)
#TD(Nstates=5) b3lyp/6-31g* pop=full density=current iop(9/40=9, 3/33=4) geom=connectivity

Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx ffffffffffffffff, rcx ffffffffffffffff
   rdx 0000000000000bc1, rsp 00007fffd37486c8, rbp 00007fffd3748ca0
   rsi 000000000000000b, rdi 0000000000000bc1, r8  00002aecc1a37f40
   r9  0000000000000000, r10 00007fffd3748460, r11 0000000000000202
   r12 0000000000000000, r13 0000000000000000, r14 00007fffd3748ce8
   r15 00007fffd374d060
  --- traceback not available
Aborted (core dumped)

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daoyi163

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你这是在linux下运行的吧
2楼2014-01-15 19:09:20
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dhg1986110

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by daoyi163 at 2014-01-15 19:09:20
你这是在linux下运行的吧

是呀,不知道什么原因?
3楼2014-01-16 16:17:42
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smutao

禁虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

4楼2014-01-16 23:37:20
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daoyi163

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我问了一下物理的同学,他们有人说是对内存使用的权限不够高。好像要用chmod命令
5楼2014-01-20 15:26:28
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dhg1986110

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by daoyi163 at 2014-01-20 15:26:28
我问了一下物理的同学,他们有人说是对内存使用的权限不够高。好像要用chmod命令

谢谢你的帮忙, 我已经用了chmod 命令了,不过还是一样的...
6楼2014-01-21 02:49:51
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)


【答案】应助回帖

运行环境是什么?
Gaussian版本是什么?

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2014-01-28 15:13:15
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cxyuan09

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

如果分子很大,就不要做pop=full了,这会导致输出文件很大。
如果非常大,用B3LYP算不动,那就需要使用ONIOM对体系进行分层。最核心(最关注)的部分使用B3LYP,其他部分使用办经验方法或者分子力学方法。
8楼2014-02-01 19:18:37
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gengle

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

给出的信息不够全面,不好判断。
1,你说分子大,到底有多大,多少原子,多少重金属?
2,这个出错信息我见过,好像不是在log里面,而是在脚本输出里面的,你输出文件的最后部分是什么内容?
3,当时我遇到这个问题,不是因为分子大。
9楼2014-02-06 18:45:44
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