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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教一下径向密度分布怎么提取？
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wangzhikun

金虫 (小有名气)

[求助] 请教一下径向密度分布怎么提取？ 已有2人参与

我建立的全原子体系如图所示。想做出以二氧化硅颗粒球心为0点，体相原子在径向的密度分布曲线。请教一下用软件怎么实现？？？感激不尽！！！
请教一下径向密度分布怎么提取？
图片1.png
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微笑，便是最好的生活态度。
1楼 2014-01-03 17:21:34
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:45:21
引用回帖:
11楼: Originally posted by wangzhikun at 2014-01-04 15:18:55
你说的是平均密度啊，我想提取的是径向的密度分布，不是盒子的三个坐标轴方向的。就是，以纳米颗粒球心为0点，它的径向密度分布，这个该怎么提取啊？...

呵呵，我说的也是密度分布，是对每个构型的密度分布取平均
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有志者，事竟成。
12楼2014-01-04 19:12:43
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普通回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)
请问这个模型是怎么建立的？？？
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好好学习，天天向上。
2楼2014-01-03 17:37:08
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zyj8119 at 2014-01-03 17:37:08
请问这个模型是怎么建立的？？？

就是利用Amorphous Cell建立的。请问你会分析径向密度吗？
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微笑，便是最好的生活态度。
3楼2014-01-03 18:30:47
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangzhikun: 金币+4 2014-01-04 21:26:10
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:45:33
这个可以自己写程序
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4楼2014-01-04 09:30:24
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-01-04 09:30:24
这个可以自己写程序

你指的是脚本语言？？能说的具体一点吗？先谢过了。
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微笑，便是最好的生活态度。
5楼2014-01-04 10:48:53
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sciencejoy

新虫 (著名写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:45:39
引用回帖:
5楼: Originally posted by wangzhikun at 2014-01-04 10:48:53
你指的是脚本语言？？能说的具体一点吗？先谢过了。...

不用管什么语言，程序总可以写的。读取轨迹，根据径向密度定义，写程序计算。你用什么软件做的计算？有很多软件自带分析程序。
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6楼2014-01-04 11:08:28
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笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wangzhikun: 金币+5, ★有帮助 2014-01-04 21:25:39
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:45:47
你这只是一个构型，即使统计出来密度分布曲线也不可能是平滑的。所以要MD或者MC得到一系列构型后再统计，具体建议用Lammps做，一个命令就解决了
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wangzhikun
有志者，事竟成。
7楼2014-01-04 11:14:30
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-01-04 11:08:28
不用管什么语言，程序总可以写的。读取轨迹，根据径向密度定义，写程序计算。你用什么软件做的计算？有很多软件自带分析程序。...

我用的是MS软件，没有径向密度分布，只能用径向分布函数表示径向粒子数密度分布几率，不知道径向分布函数能不能转化成密度分布函数？
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微笑，便是最好的生活态度。
8楼2014-01-04 14:34:04
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
7楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-04 11:14:30
你这只是一个构型，即使统计出来密度分布曲线也不可能是平滑的。所以要MD或者MC得到一系列构型后再统计，具体建议用Lammps做，一个命令就解决了

能不能简要介绍一下lammps命令实现径向密度计算的原理？我用的是MS软件，我想试试能不能做出来。感激不尽！
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微笑，便是最好的生活态度。
9楼2014-01-04 14:35:56
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笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:45:55
引用回帖:
9楼: Originally posted by wangzhikun at 2014-01-04 14:35:56
能不能简要介绍一下lammps命令实现径向密度计算的原理？我用的是MS软件，我想试试能不能做出来。感激不尽！...

原理就是统计每个构型的密度，然后再取平均啊。但是lammps实现很简单，只要一个命令，计算过程软件就实现了
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有志者，事竟成。
10楼2014-01-04 14:45:16
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