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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 请教一下径向密度分布怎么提取？
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-04 14:45:16
原理就是统计每个构型的密度，然后再取平均啊。但是lammps实现很简单，只要一个命令，计算过程软件就实现了...

你说的是平均密度啊，我想提取的是径向的密度分布，不是盒子的三个坐标轴方向的。就是，以纳米颗粒球心为0点，它的径向密度分布，这个该怎么提取啊？
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微笑，便是最好的生活态度。
11楼2014-01-04 15:18:55
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笑笑愁

金虫 (小有名气)

未知
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-28 20:45:21
引用回帖:
11楼: Originally posted by wangzhikun at 2014-01-04 15:18:55
你说的是平均密度啊，我想提取的是径向的密度分布，不是盒子的三个坐标轴方向的。就是，以纳米颗粒球心为0点，它的径向密度分布，这个该怎么提取啊？...

呵呵，我说的也是密度分布，是对每个构型的密度分布取平均
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有志者，事竟成。
12楼2014-01-04 19:12:43
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
12楼: Originally posted by 笑笑愁 at 2014-01-04 19:12:43
呵呵，我说的也是密度分布，是对每个构型的密度分布取平均...

好吧，lammps果然强大！
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微笑，便是最好的生活态度。
13楼2014-01-04 21:24:01
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
wangzhikun: 金币+3, ★有帮助 2014-01-04 22:45:03
引用回帖:
8楼: Originally posted by wangzhikun at 2014-01-04 14:34:04
我用的是MS软件，没有径向密度分布，只能用径向分布函数表示径向粒子数密度分布几率，不知道径向分布函数能不能转化成密度分布函数？...

MS是商业软件，一定是有命令可以直接算出来径向分布函数
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14楼2014-01-04 21:57:38
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
14楼: Originally posted by sciencejoy at 2014-01-04 21:57:38
MS是商业软件，一定是有命令可以直接算出来径向分布函数...

嗯，径向分布函数可以算出来。想分析径向密度分布的话需要对径向分布函数进行一定的处理，我现在已经知道怎么转化了。3Q！
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微笑，便是最好的生活态度。
15楼2014-01-04 22:44:50
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zhaoerzheng

金虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by wangzhikun at 2014-01-04 22:44:50
嗯，径向分布函数可以算出来。想分析径向密度分布的话需要对径向分布函数进行一定的处理，我现在已经知道怎么转化了。3Q！...

能不能讲一下是怎样对径向分布函数处理得到径向密度分布的？急求，谢谢了！
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16楼2014-03-28 15:43:18
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
16楼: Originally posted by zhaoerzheng at 2014-03-28 15:43:18
能不能讲一下是怎样对径向分布函数处理得到径向密度分布的？急求，谢谢了！...

我后来想了下，径向分布函数处理得到的是径向密度的分布概率，不是真实的密度。我的做法是用每种元素与纳米颗粒质心的径向分布函数乘以该元素在体相中所占的质量分数，然后加和，得到的曲线类似径向密度分布。但是，就像前面所说的，这个好像只是个分布概率。可能我对径向分布函数的理解还不是太深，所以不知道究竟怎么处理才是最终的密度。
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微笑，便是最好的生活态度。
17楼2014-03-28 21:52:55
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jianzhuo

新虫 (初入文坛)
请问，您最后仿出结果了吗，你做的跟我做的很像啊，请问你是做的什么方向。
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18楼2015-04-16 21:20:13
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wangzhikun

金虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by jianzhuo at 2015-04-16 21:20:13
请问，您最后仿出结果了吗，你做的跟我做的很像啊，请问你是做的什么方向。

我做的是有机涂料的分子模拟。
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微笑，便是最好的生活态度。
19楼2015-04-17 14:34:29
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jianzhuo

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
19楼: Originally posted by wangzhikun at 2015-04-17 14:34:29
我做的是有机涂料的分子模拟。...

可是我在仿径向分布函数的时候，提示Intra-intermolecular RDF components cannot be calculated on selection or set containing centroids.不知该怎么弄
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20楼2015-04-18 10:42:20
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