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求助：lammps非周期边界已有6人参与
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向大家请教一下，lammps里的非周期边界f,s,m是什么意思？物理意义是什么？手册上只是形象的描述，不算解释吧。 lammps里其他的命令是怎么利用非周期边界条件的？只是用于原子丢失的判定吗？ 假如我设置一个很大的盒子，原子只占里面的很小部分，肯定不会丢失，这时f,s,m下是一样的结果吗？ |
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in文件： dimension 3 units metal boundary p p f atom_style full neighbor 3.0 bin neigh_modify delay 5 every 1 check yes read_data gufinal2.data # force field pair_style hybrid airebo 2.5 0 0 lj/cut 10.0 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C C C pair_coeff 1 2*4 lj/cut 0.00284 3.40 pair_coeff 2 3*4 lj/cut 0.00284 3.40 pair_coeff 3 4 lj/cut 0.00284 3.40 # define region before define group region rfix block INF INF INF INF INF -8 units box region r1 block INF INF INF INF -8 -4.5 units box region r2 block INF INF INF INF -4.5 -1 units box region r3 block INF INF INF INF -1 INF units box region th1 block INF INF INF 2 -8 INF units box region th2 block INF INF 31 INF -8 INF units box group gfix region rfix group g1 region r1 group g2 region r2 group g3 region r3 group gth1 region th1 group gth2 region th2 group gth union gth1 gth2 group gthg12 subtract gth g3 group gthg3 subtract gth gthg12 group g12 union g1 g2 group gf12 union gfix g12 # compute and velocity compute temp6 gthg3 temp/com variable vg3x equal vcm(g3,x)#x component of velocity of the center of mass of group g3 variable pg3x equal xcm(g3,x)#x component of position of the center of mass of group g3 variable pg3y equal xcm(g3,y)#y component of position of the center of mass of group g3 variable pg3z equal xcm(g3,z)#z component of position of the center of mass of group g3 velocity gfix set 0.0 0.0 0.0 units box velocity g12 create 10 4928459 rot yes dist gaussian units box velocity g3 create 10 4928459 rot yes dist gaussian units box # fixes fix 1 all nve fix 2 gthg12 langevin 10 10 0.3 699483 zero yes fix 3 gthg3 langevin 10 10 0.1 699483 zero yes fix_modify 3 temp temp6 fix 4 gfix setforce 0.0 0.0 0.0 #relax min_modify dmax 0.01 minimize 1.0e-6 1.0e-8 1000 100000 neigh_modify exclude group gfix gfix timestep 0.001 thermo 100 thermo_style custom step v_pg3x v_pg3y v_pg3z v_vg3x dump 1 all xyz 200 gufinal2.xyz dump 2 all atom 200 gufinal2.lammpstrj run 50000 velocity g3 set 1.00 NULL NULL units box sum yes run 100000 盒子尺寸： 0.000000000 85.2168 xlo xhi 0.000000000 34.4332 ylo yhi -8.500000000 18.257102924 zlo zhi 模拟的是碳纳米管在石墨烯上运动，z方向原子不会丢失。 只改 boundary p p f 这句， v_pg3x v_pg3y v_pg3z v_vg3x 结果不一样。 修改data文件里的 -8.500000000 18.257102924 zlo zhi 使盒子尺寸稍微变化一点，结果也不一样。 |
7楼2013-12-30 09:59:17
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3楼2013-12-27 12:48:56
4楼2013-12-27 15:46:58