| 查看: 5010 | 回复: 22 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
求助：lammps非周期边界 已有6人参与
|
|||
|
向大家请教一下，lammps里的非周期边界f,s,m是什么意思？物理意义是什么？手册上只是形象的描述，不算解释吧。 lammps里其他的命令是怎么利用非周期边界条件的？只是用于原子丢失的判定吗？ 假如我设置一个很大的盒子，原子只占里面的很小部分，肯定不会丢失，这时f,s,m下是一样的结果吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
帮忙看看fileCode
已经有8人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有3人回复
-
FileCode能看出啥？
已经有15人回复
-
filecode
已经有8人回复
-
确定了，国自然21号放榜
已经有7人回复
-
综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分？
已经有11人回复
-
关于代码变化问题，想知道的进来
已经有24人回复
-
为什么网上很多人说本周 12号出结果
已经有3人回复
-
静等基金结果
已经有16人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教一下衰减的周期函数是不是周期函数
已经有6人回复
- lammps实验拉伸Al纳米线的in文件的错误提示好久找不出？
已经有8人回复
- fluent中如何设置周期边界？
已经有4人回复
- read_restart非周期性边界条件
已经有4人回复
- 用lammps模拟填充水的碳管的热导率，能设置碳管为固定边界，水为周期性边界条件吗？
已经有6人回复
- 3维周期性边界条件设置
已经有9人回复
- 分子动力学模拟时如何利用周期性边界条件？？
已经有5人回复
- fix deform 指令拉伸求教
已经有10人回复
- MS分子模拟的截断半径该怎么设？
已经有4人回复
- 周期性边界条件相关问题
已经有6人回复
- 如何设置周期边界条件
已经有9人回复
- 周期性边界造成的RMSD异常值
已经有12人回复
- s s p边界 原子数增多的问题
已经有5人回复
- 【求助】vasp为什么采用周期性边界条件（或超原胞模型）来处理原子分子表面体系等，有
已经有8人回复
- 【讨论】周期性边界条件什么时候用
已经有11人回复
- 【求助】LAMMPS中非周期性边界条件和Born-Mayer-Huggins势函数不会设置
已经有4人回复
|
in文件： dimension 3 units metal boundary p p f atom_style full neighbor 3.0 bin neigh_modify delay 5 every 1 check yes read_data gufinal2.data # force field pair_style hybrid airebo 2.5 0 0 lj/cut 10.0 pair_coeff * * airebo CH.airebo C C C C pair_coeff 1 2*4 lj/cut 0.00284 3.40 pair_coeff 2 3*4 lj/cut 0.00284 3.40 pair_coeff 3 4 lj/cut 0.00284 3.40 # define region before define group region rfix block INF INF INF INF INF -8 units box region r1 block INF INF INF INF -8 -4.5 units box region r2 block INF INF INF INF -4.5 -1 units box region r3 block INF INF INF INF -1 INF units box region th1 block INF INF INF 2 -8 INF units box region th2 block INF INF 31 INF -8 INF units box group gfix region rfix group g1 region r1 group g2 region r2 group g3 region r3 group gth1 region th1 group gth2 region th2 group gth union gth1 gth2 group gthg12 subtract gth g3 group gthg3 subtract gth gthg12 group g12 union g1 g2 group gf12 union gfix g12 # compute and velocity compute temp6 gthg3 temp/com variable vg3x equal vcm(g3,x)#x component of velocity of the center of mass of group g3 variable pg3x equal xcm(g3,x)#x component of position of the center of mass of group g3 variable pg3y equal xcm(g3,y)#y component of position of the center of mass of group g3 variable pg3z equal xcm(g3,z)#z component of position of the center of mass of group g3 velocity gfix set 0.0 0.0 0.0 units box velocity g12 create 10 4928459 rot yes dist gaussian units box velocity g3 create 10 4928459 rot yes dist gaussian units box # fixes fix 1 all nve fix 2 gthg12 langevin 10 10 0.3 699483 zero yes fix 3 gthg3 langevin 10 10 0.1 699483 zero yes fix_modify 3 temp temp6 fix 4 gfix setforce 0.0 0.0 0.0 #relax min_modify dmax 0.01 minimize 1.0e-6 1.0e-8 1000 100000 neigh_modify exclude group gfix gfix timestep 0.001 thermo 100 thermo_style custom step v_pg3x v_pg3y v_pg3z v_vg3x dump 1 all xyz 200 gufinal2.xyz dump 2 all atom 200 gufinal2.lammpstrj run 50000 velocity g3 set 1.00 NULL NULL units box sum yes run 100000 盒子尺寸： 0.000000000 85.2168 xlo xhi 0.000000000 34.4332 ylo yhi -8.500000000 18.257102924 zlo zhi 模拟的是碳纳米管在石墨烯上运动，z方向原子不会丢失。 只改 boundary p p f 这句， v_pg3x v_pg3y v_pg3z v_vg3x 结果不一样。 修改data文件里的 -8.500000000 18.257102924 zlo zhi 使盒子尺寸稍微变化一点，结果也不一样。 |
7楼2013-12-30 09:59:17
2楼2013-12-26 10:04:39
3楼2013-12-27 12:48:56
4楼2013-12-27 15:46:58
100