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javacfish金虫 (小有名气)
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如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选
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求哪位大侠，如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选，用什么软件或什么有效的方法。 谢谢！ |
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2楼2007-12-28 10:00:33
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你的小分子是从那里来的？怎么是pdb格式的呢？ dock3.5以前的版本倒是将小分子输入格式作为pdb的。 后面的版本就都成为mol2了 如果想要转化，就写个循环脚本，用babel转化吧 脚本可以这样写： ################ #!/bin/bash for i in *.pdb do babel -ipdb $i -omol2 ${i%pdb}mol2 done ################# OR: ################ #!/bin/csh foreach i (*.pdb) babel -ipdb $i -omol2 $i:r.mol2 end ################# 如果想要将生成的mol2文件合并为一个文件，可以用下面的命令： cat *.mol2 > multi.mol2 不过，我担心这样转化成的mol2文件，其中的原子类型会一塌糊涂。试着转sdf看看 [ Last edited by wjmed on 2007-12-28 at 20:34 ] |
7楼2007-12-28 20:27:24
yalefield
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