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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫
为方便别的虫子开了新帖：）
windows版本babel：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=674907&fpage=1

[ Last edited by alwens on 2007-12-29 at 13:43 ]
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万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓？
11楼2007-12-29 13:41:36
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alwens

铁杆木虫 (正式写手)

老木虫
★ ★
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
windows下批量处理的话有几个方法：
1.dos批处理命令
2.装cygwin或mingw，运行wjmed写的shell
3.装python，运行下面脚本：
~~~~~~~~~~~~~~~cut below and save as pdbtomol2.py~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
#!/usr/bin/env python
import os,sys
if len(sys.argv)!=2:
        print 'Usage: pdbtomol2.py '
        sys.exit(0)
pdb_dir=sys.argv[1]
pdb_v=[i[:i.find(.pdb') for i in open(pdb_dir).readlines() if i.find('.pdb')>0]
mol2_file='%s.mol2'%pdb_dir
fo=open(mol2_file,'wb)
for pdb in pdb_v:
        cmd='babel -ipdb %s.pdb -omol2 %s.mol2'%(os.path.join(pdb_dir,pdb),os.path.join(pdb_dir,pdb))
        print cmd
        os.system(cmd)
        v=open('%s.mol2'%os.path.join(pdb_dir,pdb)).readlines()
        fo.writelines(v)
fo.close()
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万里夕阳锦背高 翻身犹恨东洋小 太公怎钓？
12楼2007-12-29 14:00:01
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