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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选
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javacfish

金虫 (小有名气)

[交流] 如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选

求哪位大侠，如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选，用什么软件或什么有效的方法。

谢谢！
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1楼 2007-12-28 09:50:45
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heshang

木虫 (小有名气)
我也想知道啊
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2楼2007-12-28 10:00:33
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★
小红豆(金币+2,VIP+0):辛苦了！
有点儿乱，有点儿乱，
三千五......五千！
PDB是大分子的文件，对DOCK来说，有一个这样的文件也就够了。
需要筛选的是（五千个）小分子啊？难道这么多小分子存成了PDB？
这就如同《女王怀孕了？》，兼有政治、皇室、隐私、性和神秘之特色，
我们不禁要问：
这是谁干的？
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3楼2007-12-28 10:11:57
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montclimber

金虫 (正式写手)
我也想知道啊。不用转换成其他格式就可以Dock？惊讶
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每天醒来都觉得不奔跑梦就要死了。
4楼2007-12-28 14:25:47
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loappleve

金虫 (小有名气)
★
zzgyb(金币+1,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
我不太信任这样完全的自动化
还是自己手动放心
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5楼2007-12-28 14:48:00
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javacfish

金虫 (小有名气)
我说的是配体小分子的pdb格式转化为适合dock的文件格式，这可能是个小分子数据库。
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6楼2007-12-28 19:43:24
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wjmed

木虫 (正式写手)
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):感谢参与！欢迎常来！：）
引用回帖:
Originally posted by javacfish at 2007-12-28 19:43:
我说的是配体小分子的pdb格式转化为适合dock的文件格式，这可能是个小分子数据库。

你的小分子是从那里来的？怎么是pdb格式的呢？
dock3.5以前的版本倒是将小分子输入格式作为pdb的。
后面的版本就都成为mol2了
如果想要转化，就写个循环脚本，用babel转化吧
脚本可以这样写：
################
#!/bin/bash
for i in *.pdb
do
   babel -ipdb $i -omol2 ${i%pdb}mol2
done
#################

OR:
################
#!/bin/csh
foreach i (*.pdb)
   babel -ipdb $i -omol2 $i:r.mol2
end
#################

如果想要将生成的mol2文件合并为一个文件，可以用下面的命令：
   cat *.mol2 > multi.mol2

不过，我担心这样转化成的mol2文件，其中的原子类型会一塌糊涂。试着转sdf看看

[ Last edited by wjmed on 2007-12-28 at 20:34 ]
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Timeandtidewaitsfornoman!
7楼2007-12-28 20:27:24
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

是啊

小分子数据库怎么会是PDB格式哟？
这不是给自己找麻烦哟。
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8楼2007-12-29 03:58:46
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loappleve

金虫 (小有名气)
我用过一个软件 做格式转换的 你搜索一下 corina
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9楼2007-12-29 08:43:28
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javacfish

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wjmed at 2007-12-28 20:27:

你的小分子是从那里来的？怎么是pdb格式的呢？
dock3.5以前的版本倒是将小分子输入格式作为pdb的。
后面的版本就都成为mol2了
如果想要转化，就写个循环脚本，用babel转化吧
脚本可以这样写：
########### ...

但是：babel 下载不了能否给我发一份，十分感谢！其他的软件包能否也提供一些？我的邮箱：paper_bai@yahoo.com.cn  
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10楼2007-12-29 12:47:03
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