| 查看: 876 | 回复: 11 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
javacfish金虫 (小有名气)
|
[交流]
如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选
|
||
|
求哪位大侠，如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选，用什么软件或什么有效的方法。 谢谢！ |
回复此楼» 猜你喜欢
070300一志愿211，312分求调剂院校
已经有14人回复
-
26年储能、电池方向博士申请
已经有2人回复
-
物理化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有74人回复
-
070300化学求调剂
已经有13人回复
-
青岛大学化学化工学院2026年招收调剂硕士研究生
已经有0人回复
-
北方工业大学085808储能技术-02方向（电池）接收调剂生
已经有0人回复
-
272求调剂，接受跨专业调剂！
已经有3人回复
-
有一区TOP论文，求调剂
已经有22人回复
-
大连工业大学杰青/长江团队-生物质材料-储能电池方向招收2026级博士生
已经有14人回复
-
2026贵州大学博士招生
已经有0人回复
-
青岛大学化学化工学院2026年招收调剂硕士研究生
已经有0人回复
wjmed
木虫 (正式写手)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 2795.1
- 红花: 8
- 帖子: 812
- 在线: 50.4小时
- 虫号: 96805
- 注册: 2005-11-07
- 性别: GG
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
★ ★
spur(金币+2,VIP+0):感谢参与！欢迎常来！：）
spur(金币+2,VIP+0):感谢参与！欢迎常来！：）
|
你的小分子是从那里来的？怎么是pdb格式的呢？ dock3.5以前的版本倒是将小分子输入格式作为pdb的。 后面的版本就都成为mol2了 如果想要转化，就写个循环脚本，用babel转化吧 脚本可以这样写： ################ #!/bin/bash for i in *.pdb do babel -ipdb $i -omol2 ${i%pdb}mol2 done ################# OR: ################ #!/bin/csh foreach i (*.pdb) babel -ipdb $i -omol2 $i:r.mol2 end ################# 如果想要将生成的mol2文件合并为一个文件，可以用下面的命令： cat *.mol2 > multi.mol2 不过，我担心这样转化成的mol2文件，其中的原子类型会一塌糊涂。试着转sdf看看 [ Last edited by wjmed on 2007-12-28 at 20:34 ] |
7楼2007-12-28 20:27:24
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
- QC强帖: 1
- 应助: 129 (高中生)
- 贵宾: 0.17
- 金币: 21238.9
- 散金: 3440
- 红花: 66
- 帖子: 12101
- 在线: 759.1小时
- 虫号: 96063
- 注册: 2005-10-07
- 专业: 高等教育学
- 管辖: 计算模拟
3楼2007-12-28 10:11:57
montclimber
金虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 516.8
- 帖子: 359
- 在线: 31.2小时
- 虫号: 469926
- 注册: 2007-11-29
- 性别: MM
- 专业: 合成药物化学
4楼2007-12-28 14:25:47
5楼2007-12-28 14:48:00
