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javacfish

金虫 (小有名气)

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专业: 生物大分子结构与功能

[交流] 如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选

求哪位大侠，如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选，用什么软件或什么有效的方法。

谢谢！

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1楼 2007-12-28 09:50:45

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wjmed

木虫 (正式写手)

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专业: 化学生物学与生物有机化学

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spur(金币+2,VIP+0):感谢参与！欢迎常来！：）

引用回帖:

Originally posted by javacfish at 2007-12-28 19:43:
我说的是配体小分子的pdb格式转化为适合dock的文件格式，这可能是个小分子数据库。

你的小分子是从那里来的？怎么是pdb格式的呢？
dock3.5以前的版本倒是将小分子输入格式作为pdb的。
后面的版本就都成为mol2了
如果想要转化，就写个循环脚本，用babel转化吧
脚本可以这样写：
################
#!/bin/bash
for i in *.pdb
do
babel -ipdb $i -omol2 ${i%pdb}mol2
done
#################

OR:
################
#!/bin/csh
foreach i (*.pdb)
babel -ipdb $i -omol2 $i:r.mol2
end
#################

如果想要将生成的mol2文件合并为一个文件，可以用下面的命令：
cat *.mol2 > multi.mol2

不过，我担心这样转化成的mol2文件，其中的原子类型会一塌糊涂。试着转sdf看看

[ Last edited by wjmed on 2007-12-28 at 20:34 ]