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javacfish金虫 (小有名气)
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[交流]
如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选
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求哪位大侠，如何大规模自动处理pdb文件为dock筛选，用什么软件或什么有效的方法。 谢谢！ |
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alwens
铁杆木虫 (正式写手)
老木虫
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zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢您的参与，欢迎您常来计算模拟版解答问题。
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windows下批量处理的话有几个方法： 1.dos批处理命令 2.装cygwin或mingw，运行wjmed写的shell 3.装python，运行下面脚本： ~~~~~~~~~~~~~~~cut below and save as pdbtomol2.py~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ #!/usr/bin/env python import os,sys if len(sys.argv)!=2: print 'Usage: pdbtomol2.py sys.exit(0) pdb_dir=sys.argv[1] pdb_v=[i[:i.find(.pdb') for i in open(pdb_dir).readlines() if i.find('.pdb')>0] mol2_file='%s.mol2'%pdb_dir fo=open(mol2_file,'wb) for pdb in pdb_v: cmd='babel -ipdb %s.pdb -omol2 %s.mol2'%(os.path.join(pdb_dir,pdb),os.path.join(pdb_dir,pdb)) print cmd os.system(cmd) v=open('%s.mol2'%os.path.join(pdb_dir,pdb)).readlines() fo.writelines(v) fo.close() |
12楼2007-12-29 14:00:01
yalefield
金虫 (文坛精英)
老汉一枚
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3楼2007-12-28 10:11:57
montclimber
金虫 (正式写手)
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4楼2007-12-28 14:25:47
5楼2007-12-28 14:48:00