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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 分子间的势能面扫描

假定有两个分子,分别是A-B 和C-D,二者会有弱相互作用,我想通过势能面扫描得到能量比较低的几个构型,然后在进行几何优化。由于实际体系原子数比较多,做柔性扫描我怕等不起,所以打算就做个刚性扫描,用scan关键词。
我的思路是:B和C原子之间最可能发生作用,考虑这个取向,改变B和C之间距离,例如从2A一直扫到5A,在这个取向下,这个距离范围内,找到几个能量最低的点。
现在这个输入文件该怎么写呢?
Z-matrix:A-B和C-D
A
B 1 AB
C
D 1 CD
(直接忽视键角和二面角东东)
我不知道怎么写? 难道:B B C 2 S 5 0.6
拖到09里,直接挂掉了....
怎么定义B和C呢?
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cg陈

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-12-06 20:09:39
C 2 B2
最后
B2 2 5 0.6
这样

回复看的不太明白。
难道是C和B之间添一个键长数值吗
3楼2013-12-07 19:47:34
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gmy1990: 金币+2 2013-12-06 22:16:34
cg陈: 金币+5, 有帮助 2013-12-07 19:37:18
C 2 B2
最后
B2 2 5 0.6
这样
2楼2013-12-06 20:09:39
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