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cg陈铁杆木虫 (著名写手)
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分子间的势能面扫描
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假定有两个分子，分别是A-B 和C-D，二者会有弱相互作用，我想通过势能面扫描得到能量比较低的几个构型，然后在进行几何优化。由于实际体系原子数比较多，做柔性扫描我怕等不起，所以打算就做个刚性扫描，用scan关键词。 我的思路是：B和C原子之间最可能发生作用，考虑这个取向，改变B和C之间距离，例如从2A一直扫到5A，在这个取向下，这个距离范围内，找到几个能量最低的点。 现在这个输入文件该怎么写呢？ Z-matrix：A-B和C-D A B 1 AB C D 1 CD （直接忽视键角和二面角东东） 我不知道怎么写？ 难道:B B C 2 S 5 0.6 拖到09里，直接挂掉了.... 怎么定义B和C呢？  |
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