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opna

新虫 (初入文坛)

[求助] AIM如何使用(急!!!) 已有1人参与

求助各位高手,在文献中经常看到AIM分析电子密度 我想知道不同键的电子密度是如何分析的 AIM只是一个软件还是通过测样分析??
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gkf高: 金币+8 2013-12-02 17:28:14
AIM是主要由Bader发展的一套流行的用于分析电子结构问题的理论,其介绍、综述在这里有合集:http://pan.baidu.com/share/link? ... p;amp;uk=1074012119。另外在Multiwfn 2013年培训的课件包http://pan.baidu.com/s/15OxzP里的day1中的Some concepts in wavefunction analysis的后半部分也有图文并茂的介绍。AIM主要基于对实空间函数(电子密度、电子密度拉普拉斯函数、动能密度等)以绘图、拓扑分析和盆积分方式来研究。

能做AIM分析的程序极多,包括Multiwfn、AIM2000、AIMALL、Morphy、AIMPAC、Xaim、aimuc、promolden、PAMoC、InteGriTy、Bader、DGrid等等,但流行的只有前五个。由于AIM内涵丰富,涉及到的分析方式较多,列举的这些程序后一半只能支持其中少部分分析。

Multiwfn (http://Multiwfn.codeplex.com)免费、开源、灵活、速度快、结果可以直接可视化、手册详尽、功能全面,是最为推荐的AIM分析程序。Multiwfn的拓扑分析功能的用法介绍见《使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/c84fa5089156806dd55a11c3)以及其手册3.14节的原理介绍和4.2节的实例。

Multiwfn的盆分析的用法见《使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/47427a1487ce95633e87ce25)以及其手册3.20节的原理介绍和4.17节的实例。

Multiwfn的绘图功能(绘制曲线图、平面图、等值面图)的例子分别见其手册4.3、4.4、4.5节。

Multiwfn的入门必读见《Multiwfn入门tips》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/896ee3a19f6d7d3c020a4d76)。Multiwfn 3.0版的综述见《Multiwfn 3.0波函数分析程序的意义、功能与用途》(http://hi.baidu.com/sobereva/item/b35581418db96cea1f19bc09
2楼2013-12-02 16:38:51
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opna

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2013-12-02 16:38:51
AIM是主要由Bader发展的一套流行的用于分析电子结构问题的理论,其介绍、综述在这里有合集:http://pan.baidu.com/share/link?shareid=479253&uk=1074012119。另外在Multiwfn 2013年培训的课件包http://pan.bai ...

谢谢啊 但是我合成铁-稳定剂配合物,我想看铁和高分子稳定剂之间的键能 AIM能分析吗 我的稳定剂中有的含多种官能团 AIM分析不需要样品扫描什么的吗 纯软件程序分析??本人环境专业 对这方面不了解 求指教 万分感谢
3楼2013-12-02 19:56:09
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


★ ★ ★
zhou2009: 金币+3 2013-12-02 20:23:05
引用回帖:
3楼: Originally posted by opna at 2013-12-02 19:56:09
谢谢啊 但是我合成铁-稳定剂配合物,我想看铁和高分子稳定剂之间的键能 AIM能分析吗 我的稳定剂中有的含多种官能团 AIM分析不需要样品扫描什么的吗 纯软件程序分析??本人环境专业 对这方面不了解 求指教 万分感谢...

AIM没法直接给出键能(除非对个别类型体系借助前人拟合的经验公式)。计算键能最直接的方法就是计算结合稳定剂前后体系的能量差,所有从头算量子化学程序,诸如Gaussian,都能做到。
量化计算,包括AIM,都只需要在电脑上算。
4楼2013-12-02 20:02:00
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opna

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2013-12-02 20:02:00
AIM没法直接给出键能(除非对个别类型体系借助前人拟合的经验公式)。计算键能最直接的方法就是计算结合稳定剂前后体系的能量差,所有从头算量子化学程序,诸如Gaussian,都能做到。
量化计算,包括AIM,都只需要 ...

我看文献中AIM不是通过电子密度可以推断出键能强弱吗 还有就是你说的Gaussian 结合稳定剂前后体系 就是说我先做一份不加稳定剂的 测定一下 再做一份加稳定剂的 再测定下?我主要是想看稳定剂中不同官能团与铁的结合键能 想据此判断不同官能团对合成的纳米铁本身性质的一个影响 能提供点建议吗 再次感谢!!!ps:你说的这些程序有免费版吗 自己下载就能用?谢谢
5楼2013-12-02 20:10:38
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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★ ★ ★
gkf高: 金币+3 2013-12-03 10:25:58
AIM理论没法直接给出键能的绝对值,除非前面提到的,有个别人拟合出了某些情况下键能和AIM临界点性质的关系(诸如氢键键能和BCP处的能量密度的关系,见)。AIM通常只能横向定性衡量同类的键的键能相对大小。
Multiwfn是完全免费的。直接去那些程序的官网去看就知道收不收费。

具体怎么算键能取决于实际问题、体系的结构。多找些计算键能的文章看看就会明白。
6楼2013-12-03 02:33:52
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opna

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by sobereva at 2013-12-03 02:33:52
AIM理论没法直接给出键能的绝对值,除非前面提到的,有个别人拟合出了某些情况下键能和AIM临界点性质的关系(诸如氢键键能和BCP处的能量密度的关系,见)。AIM通常只能横向定性衡量同类的键的键能相对大小。
Multi ...

谢谢
7楼2013-12-03 08:42:40
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youyno

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gkf高: 金币+3 2014-02-21 20:53:11
AIM是一个理论,能够做AIM分析的软件很多,楼上提到的都可以,但是大部分是收费的,我尝试着用高斯做过但是一放进去就报错,数据能出来,但是听说不可靠,而且没有办法做出相应的电荷密度差分图,我试着用AIMALL做了,效果不错,但是我用的是试用版,只能算9个分子和300个基函数以内的分子,大分子的计算就没办法了,除非去买,要接近一千美金,后来我听说Multiwfn不错,我用了一下,还不错,不过也在摸索,今天看到一篇文献上就是用这个画出来的图和用AIMALL的效果差不多。(对了AIMALL的官方软件好像去申请,我写了一封信才给我账号密码)
平生多磨砺,男儿自横行!
8楼2014-02-21 20:44:42
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2013-12-02 16:38:51
AIM是主要由Bader发展的一套流行的用于分析电子结构问题的理论,其介绍、综述在这里有合集:http://pan.baidu.com/share/link?shareid=479253&uk=1074012119。另外在Multiwfn 2013年培训的课件包http://pan.bai ...

忘了提Gaussian自带的aim。这个程序毛病挺多的,自从程序的作者人间蒸发(死了?)以后,Gaussian公司就不再提供技术支持了
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
9楼2014-02-22 04:19:07
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sobereva

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引用回帖:
9楼: Originally posted by beefly at 2014-02-22 04:19:07
忘了提Gaussian自带的aim。这个程序毛病挺多的,自从程序的作者人间蒸发(死了?)以后,Gaussian公司就不再提供技术支持了...

那模块的作者Cioslowski还活着,还在出文章ing,只是貌似撒手不管了
10楼2014-02-22 16:55:44
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