| 查看: 618 | 回复: 3 | ||
haiyanqian木虫 (小有名气)
|
[求助]
DS中如何实现分布优化
|
| 对于已经构建好的同源模建，我想通过DS实现对蛋白的分布优化。首先只优化离子和水；其次优化蛋白骨架；最后完全优化。类似于这样的：A three-stage EM protocol was employed for thesolvated enzyme energy minimization. At each stage, mini-mization was executed with 3000 steps of the steepest descentalgorithm and 6000 steps of the conjugate gradient algorithm, withminimization criteria set at 0.1 and 0.001 RMSG, respectively. Inthe first stage, the protein was constrained and only the solva-tion model was minimized. In the second stage, the heavy atomswere constrained and the hydrogen atoms of the protein wererelaxed, and both the solvent molecules and the protein hydro-gen atoms were minimized. In the third stage, all the solvationmodel molecules and protein atoms were allowed to relax.请问我该如何实现上述步骤，谢谢~ |
回复此楼» 猜你喜欢
Journal of Mechanical Science and Technology
已经有5人回复
-
085600，材料与化工321分调剂
已经有4人回复
-
0703化学一志愿南京师范大学303求调剂
已经有3人回复
-
材料与化工（0856）304求B区调剂
已经有3人回复
-
292求调剂
已经有4人回复
-
一志愿吉大071010，316分求调剂
已经有3人回复
-
0703化学338求调剂！
已经有7人回复
-
求调剂推荐 材料 304
已经有7人回复
-
324求调剂
已经有5人回复
-
化学308分求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教各位有机合成与纳米晶体合成有什么相同点和不同点
已经有8人回复
- 关于electrostatic potential
已经有5人回复
- 我想用SYBYL的对接后的体系去做DS的QM/MM优化模型，跑一个MD?
已经有4人回复
- ds做动力学优化
已经有6人回复
- ds中的分子优化
已经有5人回复
- DS Server none
已经有6人回复
- DS 3.0分子优化
已经有7人回复
- 钢中非金属夹杂物的讨论
已经有35人回复
- 【求助】用DS优化后的分子和pipeline pilot优化后的分子的RS构型问题
已经有6人回复
- 【求助】计算机辅助药物设计
已经有9人回复
- 【求助】DS2.1中小分子优化问题
已经有12人回复
- 【求助】对称分子如何完美构建
已经有13人回复
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
2楼2013-12-02 20:21:31
haiyanqian
木虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2263
- 红花: 1
- 帖子: 93
- 在线: 39.9小时
- 虫号: 1347498
- 注册: 2011-07-16
- 专业: 合成药物化学
3楼2013-12-05 08:49:47
monsoncupid
金虫 (小有名气)
- 应助: 18 (小学生)
- 金币: 1629.9
- 红花: 3
- 帖子: 105
- 在线: 47.9小时
- 虫号: 2637881
- 注册: 2013-09-05
- 专业: 生物大分子结构与功能
4楼2013-12-09 14:07:34
5