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dx0620

木虫 (正式写手)

[求助] pwscf的原子坐标ATOMIC_POSITIONS设置

pwscf中输入原子坐标部分,我能直接用ms的*.cell文件中的原子坐标吗?能的话ATOMIC_POSITIONS后面{}我要填什么啊?
之前填的是crystal,但是我用xcrysden导入input文件,出来的结构跟ms里差很多
xcrysden中出现的
pwscf的原子坐标ATOMIC_POSITIONS设置
ms中建的模型
pwscf的原子坐标ATOMIC_POSITIONS设置-1
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dx0620

木虫 (正式写手)

另附input
&system
     ibrav=11
     celldm(1)=8.653,
     celldm(2)=1.157
     celldm(3)=0.655,
     nat=10, ntyp=2
     ecutwfc=60
     ecutrho=720
     occupations='smearing', smearing='methfessel-paxton', degauss=0.03
     la2F =.true.
/
&electrons
     conv_thr= 1.0d-9
     mixing_beta = 0.7
/
ATOMIC_SPECIES
Fe 55.845 Fe.blyp-sp-van.UPF
B  10.811 B.blyp-n-van_ak.UPF
ATOMIC_POSITIONS {crystal}
Fe   0.0000000000000000   0.0000000000000000   0.0000000000000000
Fe   0.5000000000000000   0.4999999999999999   0.5000000000000000
  B   0.2486999928951263   0.3122999966144565  -0.0000000000000001
  B  -0.2486999928951263  -0.3122999966144565  -0.0000000000000001
  B   0.2513000071048737   0.8122999966144565   0.5000000000000000
  B   0.7486999928951265   0.1877000033855435   0.5000000000000001
  B   0.3411000072956085   0.1263000071048737   0.4999999999999999
  B  -0.3411000072956085  -0.1263000071048737   0.5000000000000000
  B   0.1588999927043915   0.6263000071048736   0.0000000000000000
  B   0.8411000072956086   0.3736999928951263   0.0000000000000000
K_POINTS {automatic}
16 16 28 0 0 0
2楼2013-11-20 22:13:31
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superdonnie

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
dx0620: 金币+7, ★★★很有帮助 2013-11-25 10:29:02
dx0620: 金币+3, ★★★很有帮助 2013-11-25 14:32:29
ibrav=11是orthorhombic body centered,因为是体心的,所以导致你做出的结构里面多了好多红色的原子。貌似你应该改用orthorhombic primitive,也就是ibrav=8。另外乍一看去,楼主的ecutwfc取得好像太高,K点也过密。
3楼2013-11-25 09:34:24
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dx0620

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by superdonnie at 2013-11-25 09:34:24
ibrav=11是orthorhombic body centered,因为是体心的,所以导致你做出的结构里面多了好多红色的原子。貌似你应该改用orthorhombic primitive,也就是ibrav=8。另外乍一看去,楼主的ecutwfc取得好像太高,K点也过密 ...

ecutwfc我大概测试了下,50-60左右,这是第一步加密K点算的,所以比较密。我确定ibrav的时候从materials studio里看行吗?
pwscf的原子坐标ATOMIC_POSITIONS设置-2
4楼2013-11-25 10:28:09
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superdonnie

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by dx0620 at 2013-11-25 10:28:09
ecutwfc我大概测试了下,50-60左右,这是第一步加密K点算的,所以比较密。我确定ibrav的时候从materials studio里看行吗?
...

我没用过materials studio,不晓得是否能从那里面直接看(能不能直接用肯定也取决于你在QE的input里的具体设置),不过至少可以作为一个参考的。 ibrav具体怎么取还要看具体情况,而且可能性往往不止一种。比如这里你也可以设置ibrav=0,然后指定crystal lattice vector,或者还可以把你的结构当作三斜的,指定a, b, c, alpha, beta, gamma,看个人爱好,以及如何设置方便。不过不管怎么说,楼主都要对程序里的结构参数以及要做的体系的实际结构有一个了解,才方便进行设置的。

关于ecutwfc,我不知道楼主为什么要加密K点,但我不认为加密K点就需要提高ecutwfc,貌似没有太大关系。
5楼2013-11-25 12:33:03
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dx0620

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by superdonnie at 2013-11-25 12:33:03
我没用过materials studio,不晓得是否能从那里面直接看(能不能直接用肯定也取决于你在QE的input里的具体设置),不过至少可以作为一个参考的。 ibrav具体怎么取还要看具体情况,而且可能性往往不止一种。比如这里 ...

我不是说提高ecutwfc是为的加密K点。我的ecutwfc经过收敛测试选取的;我是计算电声耦合,这里截取的input是第一步加密K点的计算
6楼2013-11-25 14:43:35
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dx0620

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by superdonnie at 2013-11-25 12:33:03
我没用过materials studio,不晓得是否能从那里面直接看(能不能直接用肯定也取决于你在QE的input里的具体设置),不过至少可以作为一个参考的。 ibrav具体怎么取还要看具体情况,而且可能性往往不止一种。比如这里 ...

再请问,pwscf中的输出文件中,能查看所建结构的空间群吗?
麻烦你了,谢谢~
7楼2013-11-25 15:14:38
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superdonnie

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by dx0620 at 2013-11-25 15:14:38
再请问,pwscf中的输出文件中,能查看所建结构的空间群吗?
麻烦你了,谢谢~...

不能的,要用其他的软件分析查看。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

8楼2013-11-25 18:53:16
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dx0620

木虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
8楼: Originally posted by superdonnie at 2013-11-25 18:53:16
不能的,要用其他的软件分析查看。...

比如?我现在只知道xcrysden可以导入,但是它貌似也不能看空间群吧
9楼2013-11-25 19:43:11
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superdonnie

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by dx0620 at 2013-11-25 19:43:11
比如?我现在只知道xcrysden可以导入,但是它貌似也不能看空间群吧...

一般的找对称性的软件,比如findsym。需要你利用原子坐标设置一个findsym的输入文件。
10楼2013-11-25 19:58:08
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